snakemake

Изграждане системи като грим често се използва за създаване на сложни работни процеси, напр в биоинформатиката & Nbsp;. snakemake има за цел да намали сложността на създаване на работни процеси, като осигурява чист и модерен домейна конкретна спецификация език (DSL) в Python стил, заедно с бърз и комфортна среда за изпълнение.
<Силен> Монтаж
- На Ubuntu 12.04, можете да инсталирате Debian пакет python3-snakemake налични в нашата Launchpad хранилище.
- На други системи, трябва да имате работеща инсталация на Python> = 3.2. В зависимост от вашата система, след това можете да инсталирате snakemake чрез издаване или easy_install snakemake или easy_install3 snakemake в командния ред. Ако не разполагате с администраторски привилегии, да погледнете на аргумент --user на easy_install.
- И накрая, snakemake може да се инсталира ръчно, като изтеглите архива на изходния код от pypi.
<Силен> Usage
Snakemake предлага прост DSL да опише работни потоци, които създават файлове в няколко последователни стъпки:
образци = ["01", "02"]
# Евентуално дефинира директория, в която трябва да се направи работата.
workdir: "път / до / workdir"
# Подобно да се направи, определи фиктивни правила, които действат като изграждане цели.
изключи всички:
& Nbsp; вход: "diffexpr.tsv", ...
произнася обобщава:
& Nbsp; вход: "{} проба .mapped.bam" .format (проба = S) за лидер в проби
& Nbsp; изход: "diffexpr.tsv"
& Nbsp; тече:
& Nbsp; # ... дадат някои питон код за производство на изхода от входни файлове
& Nbsp; # напр. входни достъп файлове с индекса
& Nbsp; вход [1]
& Nbsp; # заместващи достъп стойности
& Nbsp; wildcards.sample
& Nbsp; # лесно тече обвивката команди автоматично с помощта на шела по подразбиране, докато има директен достъп
& Nbsp; # до всички местни и глобални променливи чрез minilanguage формат
& Nbsp; теми = 6
& Nbsp; Shell ("somecommand --threads {теми} {вход [0]} {изход [0]}")
произнася map_reads:
& Nbsp; # определяне на имена за входните и изходните файлове
& Nbsp; вход: прочитания = "{} проба .fastq", hg19 = "hg19.fasta"
& Nbsp; # изходни Маркирайте файловете за защитена срещу запис, след създаването
& Nbsp; изход: картирани = защитена ("{} проба .mapped.sai")
& Nbsp; # желание можете да формулирате съобщения, които се показват вместо родово описание правило за изпълнение на правилото:
& Nbsp; съобщение: "Mapping гласи да {input.hg19}"
& Nbsp; теми: 8
& Nbsp; черупки:
& Nbsp; # директно предоставяне на обвивката команди (в мулти или единична низ линия), ако питон синтаксис не е необходим.
& Nbsp; # отново, глобални и локални променливи могат да бъдат достъпни чрез minilanguage формат.
& Nbsp; # Освен това, може да бъде определен брой теми, използвани от правилото. Планировчика The snakemake гарантира, че правилото се управлява с определен брой теми, ако достатъчно ядра се предоставят чрез опцията -j команден ред.
& Nbsp; "" "
& Nbsp; БАВ ALN -t {теми} {input.hg19} {input.reads}> {output.mapped}
& Nbsp; някои --Други --command
& Nbsp; "" "
Получавайки "Snakefile" с такъв синтаксис, работния процес може да бъде изпълнена (например използване до 6 паралелни процеси) от issueing:
& Nbsp; snakemake -j6 -s Snakefile
За повече информация моля вижте урока

<силни> Характеристики :.

• Define работни потоци в буквален начин вписвайки правила как да се създаде изход файлове от входните файлове в обикновен питон базирани синтаксис. За разлика от GNU направи (което е преди всичко система за изграждане), snakemake позволява правило за създаване на множество изходни файлове.
• Snakemake автоматично изчислява правила, които трябва да бъдат изпълнени, за да се създаде желаната мощност.
• И двете черупки правила, основани както и пълен синтаксис питон вътре правило се поддържат. Shell команди имат пряк достъп до всички местни и глобални променливи питон.
• Подобно на GNU направи, snakemake да планирате паралелни правило екзекуции, където е възможно. Освен това, наред с правило паралелизация може да се комбинира с вътрешно паралелизация правило (напр нишки) и snakemake гарантира, че броят на използваните ядра не превишава определена стойност.
• Файловете могат да бъдат маркирани като временно (т.е. те могат да бъдат заличени, след като не е необходимо повече) или защитено (т.е. те ще бъдат защитени срещу записване след създаването).
• Входни и изходни файлове могат да съдържат множество именувани заместващи символи.
• Входни и изходни файлове може да се нарече така, че справянето с тях в рамките на върховенството става удобен.
• A-карта намали като функционалност се осъществява с помощта на лесен за четене питон списък с разбиране синтаксис.
• Като експериментална функция, snakemake може да работи върху клъстер чрез определяне на командата представи (напр qsub за Sun Grid Engine).

<силни> Изисквания :

• Python