CaPSID

капсид е цялостна платформа с отворен код, която се интегрира с висока производителност изчислителна тръбопровод за идентификация & Nbsp патоген последователност; и характеризиране на човешките геноми и transcriptomes заедно с мащабируема база резултати и лесен за употреба уеб-базирани софтуерни приложения за управление, за заявки и визуализиране на резултатите.
<Силен> Първи стъпки
Имате нужда от база данни MongoDB, а Python 2.6+ монтаж и Apache Tomcat 6+. За повече информация, прочетете уикито:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home

What е нова в тази версия:

• Поправя Съобщение за грешка, когато работи изваждане и привеждане в съответствие не е намерена
• Повече работа по определяне дълго тичане заявки

Какво ново във версия 1.4.2:

• Премахва MongoKit зависимостта

Какво ново във версия 1.4.1:

• курсора таймаут поправки за дълги статистика текущите заявки

Какво ново във версия 1.4.0:

• Прибавя статистиката, докато те се движат, а не всички в края
• Спестява уникален идентификатор за гени като UID

Какво ново във версия 1.2.7:

• Поправя README

Какво ново във версия 1.2.6:

• Subtraction филтрира неотбелязан, когато сградата картирани прочитания

Какво ново във версия 1.2:

• Utility, за да се създаде FastQ файлове от неотбелязан гласи
• Utility, за да се върнете пресичане на FastQ файлове
• Utility, за да се върнете филтъра FastQ файлове
• Добавено mapq праг флаг да изваждане
• Gbloader вече могат да се зареди бактерии и гъбични геноми
• Спестява генома, до базата данни посредством GridFS
• Намалена памет отпечатък при изчисляването на статистическите данни
• Използвайте подпроцеси вместо os.system
• mapq резултати филтър трябва да включва 0

Какво ново във версия 1.1:

• добавя поддръжка за чифт края гласи

Какво ново във версия 1.0.1:

• Добавена е поддръжка за MongoDB удостоверяване

<силни> Изисквания :

• Python