CLC Main Workbench

Този 4-седмичен напълно функционална демо на CLC Комбинираната Workbench агрегати цялата последователност на ДНК анализи на CLC Gene Workbench и всички протеин последователност анализи на CLC Protein Workbench. Всички анализи са напълно интегрирани в един-единствен, лесен за употреба, и интуитивно софтуерно приложение

Какво ново в тази версия:.

Подобрения

• Актуализирани Списъкът на ограничителен ензим от REBASE & Nbsp;.

• Фиксирана проблем с течаща BLAST на MacOS Сиера
• Обновен Pfam връзки & Nbsp;., отчетени от Pfam Domain Search инструмент
• Фиксирана проблем, въведена в & Nbsp;.. CLC Main Workbench 7.7.2 където ензими, изброени по азбучен ред след RdeGBI липсваха информация метилиране
• Различни дребни поправки

Какво ново във версия 7.7.2:

Workflows

• Workflow изходи вече могат да бъдат конфигурирани така, че са създадени подпапки да съдържат изходите.
• Нови контейнери са на разположение при определянето на имената на работния процес изходи: {потребителски}, {домакини}, и за елементи на клеймото на изходния обект, {година}, {месец}, {ден}, {час}, {минута}, {втората}.
• Placeholders в рамките на работния процес изходни имена, които преди това са били достъпни само като цифри вече може да бъде определен с помощта на писмени имена: {име} е синоним на {1} и {вход} е синоними за {2}
.
• 
  

  При използване на {2} контейнер за потребителски именуване в работния процес изходни елементи, само отключени входове ще бъдат включени в генерирания име.

  
  
• 
  

  В генерирания PDF, показващ всички конфигурирани параметри на работния процес, записи за параметри, свързани с инструмент или входен елемент сега се изброят имената на определящите елементи. Преди потребители на параметрите за такива елементи са оставени празни.

  
  
• 
  

  Къде име инструмент е бил променен в работен поток, оригиналното име сега е включена заедно с променената името когато изнасят работния процес параметри.

• 
  

  преглеждате история на елементи от данни, създадена с помощта на работния процес вече включва информация за работния процес, който ги е създал.

  
  
• Редът на инструментите в работния поток "Добавяне на елемент" меню сега съответства на реда в менюто Workbench Toolbox.
• Подобряване на валидиране на работния процес, за да помогне на потребителя, при идентифициране на суровините, които ще бъдат игнорирани поради конфигурацията на елементите на работния процес.

& Nbsp;

& Nbsp;

• инструмент за бързо стартиране сега е намерен в менюто Toolbox вместо менюто Изглед и бутон, наречен Launch, че води до това средство е добавен към лентата с инструменти.

• Анализи вече може да бъде открита на елементи от данни, изброени в таблицата с резултатите на местното търсене, като изберете елементите, които представляват интерес, прав щракване с мишката и навигацията чрез контекстното меню, което се появява.

  
  

& Nbsp;

& Nbsp;

• & Nbsp; А & Nbsp;. "Премахване асоциация (и)", опция за премахване на асоциации на метаданни от избрани елементи от данни е добавено грях мнението Metadata Elements в полето контекстното меню

• В метаданните Намери Associated Data видите, че сега също е възможно да се използва Намери в Navigation Area, когато са избрани няколко реда е.

  
  
• При импортиране на метаданни от електронна таблица с формули в него, в резултат на оценката на формулата (както е показано в Excel) сега е внесен, а не самата формула.

& Nbsp;

• All комуникация NCBI сървър е вече криптирани. (NCBI ще се движат всички уеб услуги на протокола HTTPS на 30 септември 2016 г.) & Nbsp;.

  
  

• Списъкът на ензими предварително инсталирани в работната маса & Nbsp;. Е актуализиран от REBASE

  
  

• Опцията "не е в списъка" е въведена като нова опция маса филтриране.

  
  

• подробности прочетено групово сега са показани на мнение, Element Информация на списъци последователност.

  
  

• GenBank внос сега дава възможност и за имена на файлове с разширение "GBFF".

  
  

• "Сортиране папка" инструмент сега използва числен сортиране за имена на файлове започват с номер.

• Нови контейнери са на разположение при определянето на имената на износител изходи: & Nbsp; {Потребителското}, & Nbsp; {домакин}, и за елементи на клеймото на изходния обект, {година}, & Nbsp; {месец}, & Nbsp; {ден}, & Nbsp; {час, & Nbsp; {минута}, & Nbsp; . {втората} & Nbsp;
• Placeholders рамките износ изходни имена, които преди това са били достъпни само като цифри вече може да бъде определен с помощта на писмени имена: {вход} е синоним на {1}, {разширение} е синоним на {2} и {брояч} е синоним на {3}.

Какво ново във версия 7.7.1:

• Фиксирана проблем, който възниква при изпълнение на работните процеси с множество входове в партида, когато промени в предварително дефинирани, фиксирани входове, определени по време на процеса на старта не бяха приложени.
• Фиксирана проблем, когато функцията на Motif Търсене неправилно докладвано целия мач точности като или 0% или 100%.
• Фиксирана проблем, когато сортирането папка, докато спестяване в него може да доведе до грешка.
• Фиксирана бъг в диалога режим на партида, която ще доведе до грешка, когато се появиха проблеми, свързани с основното файл или данни за местоположението.

Какво ново във версия 7.7:

Import Metadata - основни и лесни за внос на метаданни. Този инструмент допълва наличните в Metadata Таблица редактора на инструментите.

Какво ново във версия 7.6.4:

• Фиксирана бъг, когато търсенето за последователности на НЦБ инструмент ще успеете да свалите нуклеотидни последователности с съобщение за грешка "Следващите последователности не са били изтеглени правилно.
• Фиксирана проблем с взрива в NCBI стъпка на инструмента за създаване Protein доклад.
• Фиксирана проблем, водещ до грешка по време на VCF износ, когато данните, включени първоначално са били внесени от VCF файлове и стойностите в областта на QUAL са цели числа & Nbsp;.
• Export на числа с плаваща запетая (десетичен) номера на VCF & Nbsp; формат преди това са били зависими от определен локал. Това е определено така, че & Nbsp; десетичен разделител & Nbsp;. Сега винаги е точка
• Когато се прави автоматична асоциация на метаданни, дневника вече показва кои редове метаданни не са свързани с никакви данни.
• Фиксирана бъг, който попречи на метаданни за употреба информация да бъде достъпна от вътрешността на Workbench.
• Фиксирана бъг, когато прави автоматична асоциация с помощта на таблицата за метаданни съхранява на CLC сървър ще се провали.
• Automatic сдружение на метаданни сега дръжки асоциация на базата на префикс на имена на данни, а и точно съвпадение на цялото име на данни.
• таблица А метаданни вече не се нуждае от основен стълб за своите редове, за да бъде ръчно, свързан с елементи от данни.
• Възможност за заменяне роли метаданни рано видими в конфигурацията на Workflow изходи бе отстранен.
• Фиксирана грешка случва, когато един Workbench Data Местоположение сочеше файл на системата вместо папка. Сега ще се появи като недостъпна в областта на Workbench навигация.
• Enabled пояснения за всички параметри при конфигуриране и изпълняващите работни потоци.
• Процесът на влизане от Workbench на CLC сървър сега трябва да изпълни, преди откриване на CLC URL ще започне.
• Отстраняване на проблем на Mac-ове, където Workbench не е бил признат като манипулатор потребителски протокол за CLC:. // URL адреси
• Решени рядко срещащи се прави изключение, което може да бъде предизвикана от преминаването оглед редактор с двойно кликване.

Какво ново във версия 7.6.3:

Нови функции и подобрения

• групиране на избраните елементи, сега е възможно: да го използва, за да се ограничи до избрани папки
.
• сега Човек може да изберете "EST" като база данни при използване на търсенето за последователности в NCBI инструмент.
• The Йерархично струпване на Проби инструмент вече може да бъде изпълнен като част от работния процес и на сървъра.
• Подобрено управление на паметта при работа с големи елементи доклад.
• пояснения по листата на филогенетични дървета сега показване описание на приложената последователност.
• Numbers вече не са приложени към имената на Workflow елементи при създаването на копие на Workflow, използвайки "Open Копие от Workflow".
• Управление на метаданни. Следете входни файлове и внасят мета информация за вашите проби.

Корекции на грешки

• Фиксирана рядко срещащи проблем, при който Workbench ще се покаже съобщение за грешка при инсталиране на 3-та страна лицензиран плъгин.
• Фиксирана проблем, когато избирате запис в таблица с резултати Blast може да подчертае грешна привеждането в редактора на Blast, ако масата е била филтрирана или подредени.
• Фиксирана проблем, когато кликнеш върху анотация в редактора на дизайн грундове могат да доведат до съобщение за грешка.
• Фиксирана проблем, когато пояснения, които продължават от краищата на кръгова последователност ще бъде неправилно поставени в Circular Sequence View.
• Фиксирана грешка, която е предизвикала тезгяха за замразяване, ако определени последователности са показани в кръгова панорама с радиален оказване на етикети.
• Фиксирани изнесени доклади, които имат грешната автора в определени ситуации.
• Фиксирана проблем, при който Създаване Box Парцел и анализ на основните компоненти може да понякога да се управлява с незаконни аргументи, което води до съобщение за грешка.
• Изходът на инструмента за обратната комплемента Sequence сега получава наставката -Rc, приложен към име на входа вместо -1 преди.
• Фиксирана бъг в Познайте вторична структура инструмент, когато възможността за изчисляване на функцията на разпределение е избран за дълги молекули (& GT; 1000 нуклеотида).
• Фиксирана проблем, когато човек не може да я увеличите, след като намалите мащаба изцяло върху много големи работни потоци.
• Фиксирана проблем, който попречи на главната папка на Windows кара да бъдат използвани като File Location.
• Фиксирана проблем, когато се актуализира съществуващата инсталация на Windows ще доведе до файла на .vmoptions се заличава, което прави Workbench план с по подразбиране Java конфигурация.

Какво ново във версия 7.6.2:

• Добавена на работа около до издаване на Java, които от време на време се превърна в Workbench показване на uninformative грешка и изисква рестартиране, за да продължи да работи.
• Фиксирана проблем с течаща BLAST в NCBI когато NCBI генерирано грешка за техния лимит натоварването на процесора превишаване не е, да бъдат докладвани по прозрачен начин и в резултат на "без попадения" бе, да бъдат докладвани, вместо.
• A корекция се прилага, за да се избегне по изключение при обстоятелства, когато почистването на изтеглените файлове от BLAST провали.
• обратната Превод инструмент игнорира всеки генетичен код, определен в кодон честотни таблици. Така All обратен превод би подразбиране стандартната генетичния код.
• При инсталиране на работния процес с пакетни данни, че вече не е възможно да се избере само за четене папка за съхранение на данните.
• Фиксиран грешна проява на "Подкрепа формат" при износ на елементи от двете редактора Folder или Local Search редактора.
• Fix на потенциал грешен файл се записва при редактиране на файл намерени чрез Local редактора на търсене.
• Парцели вътре доклади сега са показани с запаметени настройки на техните странични панели.
• Фиксиран спестяване различни цветове линия в строителство през страничния панел.
• опция страничен панел, за да покаже, легенди за парцел с повече от 10 проби вече е активиран.
• Фиксирана проблем, който доведе до грешка при оказване на парцели за празни набори от данни.
• Фиксирана проблем, когато опцията "Empty Recycle Bin" е понякога неправилно недостъпна.

Какво ново във версия 7.6.1:

• Износителят на GTF е вече на разположение за Main Workbench.
• Транскриптомиката експеримента и примерни таблици вече могат да бъдат сортирани, дори и с голям брой редове.
• Подобряване на Excel, HTML и разделен с табулатори износ на варианти (Изберете само анотациите / колони, които трябва).

• Фиксирана грешка в "Cut Sequence Преди / След Selection" инструмент в редактора на клониране.
• Фиксирана бъг, когато щракнете с левия бутон бързо последвано от десния бутон на мишката се тълкуват като кликнете два пъти върху OS X (в списъка за търсене постоянство резултат, в дървото инструментариум, и в редактора на работния процес).

Какво ново във версия 7.6:

• Tracks:
  • Последователно изход, когато обогатява вариантни писти и анотация писти с допълнителни колони на таблицата. Изходни песни от тези инструменти вече имат същия брой добавят колони на таблицата и колоните винаги ще бъдат в същия ред. По-рано, ако добавена колона имаше празни стойности за всички варианти на реда, тя щеше да бъде отстранен от финалната маса, в резултат на различен брой и относителен ред на допълнителни колони, когато няколко проби се обработват със същите инструменти / работни потоци. Всички колони са задържани в момента, улесняване на веригата за обработка на изнесени маси, и осигуряване на незабавна визуална препратка както към които са приложени обогатяване / анотация инструменти, дори ако те не предизвиква никакви резултати за дадена проба.
  • Маси за вариантни писти и анотация песни да сортирате и филтърни колони с клетки, съдържащи няколко номера.
  • Подобряване на зрителя писта за вариант писти да покаже промяна на последователността на оказаната вариант.
  • Графика песни сега показват отрицателни стойности нагоре, пълни с Y = 0 (както се очаква).
  • Повишени десетични дроби за номера, когато износители маса за CSV, разделен с табулатори текст, и Excel.
  • Подобрено отчитане на грешки, свързани с ниско дисково пространство.
  
  

Какво ново във версия 7.5.1:

• Сега е възможно да тече работния процес без незадължителен вход.
• Инструментът AAC не поясняват варианти в 3 'UTR с тяхната промяна на ДНК-ниво, използвайки формат на тежкотоварни автомобили c.xxx. Това се отразява на всеки анализ се прави с Gx 7.5 или по-рано въз основа на Ensembl CDS песни от по-възрастните versons. Анализът на AAC трябва да се върнат назад, използвайки Gx 7.5.1 за правилното анотация.
• фиксирана Pfam филтриране бъг. Преди това Pfam съобщава само първия домейн на всеки тип в заявка и като следствие много области бяха пропуснати. Ние препоръчваме на потребителите, чиито изследвания зависи от Pfam анотации пуснете отново на функцията на техните данни.
• Фиксирана бъг в инструмента "Максимална Вероятност филогенезата", че се провали, когато се генерира фърмуера стойности за някои входни трасета.
• Фиксирана проблем с превъртане на съответните файлове при избора на обекти като параметри в инструмент магьосници.
• Резултатите от Blast текстови са подобрени, така че те показват правилния заявката и подлежат позиции независимо от направление.
• Фиксирана проблем, който не позволяваше операции BLAST при избора да тече тези на CLC Server.
• Сега е възможно да тече работния процес без незадължителен вход.