tigreBrowser

tigreBrowser е генната експресия модел браузър за резултати от R пакет Тигре (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
<Силен> Монтаж:
tigreBrowser изисква Python версия> = 2.5. tigreBrowser може да се инсталира със следната команда:
питон setup.py инсталиране
За повече информация относно инсталирането на питон модули (например инсталиране без корен разрешения само за текущия потребител), вижте http://docs.python.org/install/
<Силен> Стартиране на сървъра
Уеб сървърът включени в tigreBrowser трябва да работи, за да използвате действителния резултат браузъра.
Имате нужда от база данни, файл, генериран от R пакет Тигре (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). Този пакет съдържа база данни файл тест "database.sqlite", която може да се използва за тестване на tigreBrowser. Базата данни за изпитване се получава при използване на инструкциите и примерни данни, включени в Тигре пакет.
Изпълнение tigreServer.py да стартирате графичния потребителски интерфейс на сървъра. За да стартирате браузъра резултат, човек трябва първо да изберете файл база данни, от които ще бъдат показани резултати. Това може да бъде постигнато, като изберете 'Open файла на базата данни "и избора на файла на базата данни. Файлът с данни, не трябва да има права за писане. Сървърът може да се стартира, като кликнете върху "Старт на сървъра". Когато се натисне, етикет, се появява под бутоните, за да покаже на URL адреса на браузъра резултат.
Браузъра резултатът е сега достъпен в тази URL с помощта на редовна браузер. Инструкции за използване на браузъра са в следващата част на това ръководство. Браузърът е на разположение до сървъра е спрян с помощта на бутона "Стоп на сървъра".
tigreServer.py може да се използва и с интерфейс на командния ред. Започнете сценария с "--help 'опция за повече информация.
<Силен> Използване на браузъра
Наборът от данни за избор
Изборът на данните определя кои резултати ще бъдат видими в списъка с резултати, и в какъв ред. Изборът на експеримента се използва за избор на серия от експерименти. Само резултати от тези експерименти ще бъдат показани в списъка.
Следваща в подбора на набор от данни е изборът на транскрипционен фактор (TF) или целева съвкупност, в зависимост от това дали браузърът резултат е настроен да се насочите класиране режим или регулатор класиране режим (виж инсталация). В целевата класиране режим, избора на TF е достъпно и списъка с резултати, съдържа резултатите за различните цели с дадената TF. В регулатор класиране режим, поставената цел е избран и листването ще покаже резултатите за различните регулатори.
Тъй като броят на резултатите може да бъде висока, резултатите могат да бъдат разделени на няколко страници. "Брой на гени на страница" избор може да се използва за регулиране на броя показаха резултати. То може да бъде полезно да се намали броя на резултатите, ако зареждането на страницата бавно Поради огромния брой изображения.
На последно място, по реда, по който се показва, резултатите могат да бъдат променени с "подреди по" селекция. Резултатите ще бъдат сортирани descendingly от даден критерий.
Филтриране
Резултатите могат да бъдат филтрирани от различни критерии. Човек може, например, показва само резултати за гени, които имат Z-скор по-висока от определен праг.
Възможно е да се съчетават няколко критерии при филтрирането. "[+]" Връзка може да се използва за добавяне на друг критерий. A критерий може да бъде също така отстранява с помощта на "[-]" връзка (не показа, когато има само един критерий). Когато се използват множество критерии, в резултат на ген трябва да отговарят на всички критерии, за да се показва в списъка.
Филтрирането се активира чрез "Приложи филтри" шах.
Отбелязването
Ако гени в базата данни съдържат допълнителни данни, резултати могат да бъдат подчертани с помощта на тези данни. Наличните опции открояването са показали с цветовете, свързани с тези възможности.
Открояването творби на показване цветни кутии под имена когато лостът е в резултат от списъка за гени, които имат допълнителна информация, която съответства на избора.
Търсене
Възможно е да търсите резултати за дадени гени. Работи Търсене по пишете разделени със запетаи списък на ген или сонда имена на полето за търсене. Гениите псевдоними могат също да бъдат използвани като запис за търсене.
Показване на резултати
Резултатите за даден избор на масиви от данни, филтри, акценти и търсенето ще се показват, когато бутона "Изпрати" се натисне. Базата данни ще бъде заявен за резултати, които съответстват на дадена селекция. "Reset" бутон, може да се използва, за да изчистите всички селекции и textfields.
Да посочи резултатите съдържа множество колони. В първата колона име сонда се показва с GENENAME свързан с датчика. До името на ген, е израз фигурата на ген, ако един се определя в базата данни. Следната колона съдържа действителните резултати за гени. Всяка допълнителна информация също се показва тук. Фигури Експериментът ще бъдат показвани заедно с ценностите на резултата.
. И накрая, да експериментират параметри, ако е поставена в базата данни, ще бъдат показани като масата до цифрите

<силни> Изисквания

<Ли > Python