Staden Package

Staden Package е напълно разработен набор от сглобяване ДНК последователност (Gap4), редактиране и инструменти за анализ (спин) за Unix, Linux, MacOSX и MS Windows.
На предната Gap4 е имало няколко незначителни присъедини отнасящ
подобрения в начина, по който резултатите се присъединява Намери вътрешния присъединява и
функционалност на бутона Align Регистрирай редактора.
Също последствие да gap4 са различни промени до io_lib (на
библиотека за всички I / O на различни следи файлови формати). С добавянето
на нова програма hash_exp сега дава възможност за експеримента файлове да бъдат
съединявани заедно и индексира. Списъкът с имената експеримент файлове
СТИЛ трябва да бъдат доставени на gap4, но при условие, че EXP_PATH среда
променлива е настроена правилно gap4 ще бъде в състояние да вземе индивидуално
последователности извън свръхдълги експеримент файл
архив. Подобрения на потребителския интерфейс за това все още трябва да бъде
направено.
454 SFF архивите са сега по-добре поддържани. На defsult 454 индекси
сега работи, макар че програмата hash_sff може да се използва за осигуряване на
алтернативна стратегия индексиране (възможно по-бързо в някои случаи).
Gap4 и Трев също имат друга следа стил дисплей за следи, които
има една проба сканиране (x4 канали) на база повикване. В този случай той може да
също така да изготвят четири доверителни стойности, вместо на 1 на база. Тези способности
ще позволи по-добро интегриране на Solexa проследява, когато по-лесно
на разположение.
Плюс, разбира обичайната комбинация от корекции на грешки и Малки поправки. ВИЖ
пълен дневник промяна за подробности (чрез сайта SourceForge).
Други забележителни промени
Gap4