The Chemistry Development Kit

Софтуер снимки:
The Chemistry Development Kit
Софтуер детайли:
Версия: 1.5.13 актуализира
Дата на качване: 26 Apr 16
Розробник: The CDK Project
Разрешително: Безплатно
Популярност: 196

Rating: 3.0/5 (Total Votes: 4)

Комплектът Chemistry Development (известен също като CDK) е платформено независима, свободно да се разпространява и библиотека софтуер с отворен код изпълнява в Java и предназначена специално за структурни биоинформатиката, cheminformatics и изчислителна химия.

Проектът се състои от различни полезни алгоритми и структури от данни, пригодени специално за програмисти, които искат да се спести много време и усилия чрез повторно използване на код. Комплектът за химия за развитие не е предназначен да се използва от крайните потребители.


Удобства в един поглед

Основни характеристики включват поддръжка за четене и писане формати химически данни, подкрепа за оказване на химически структури, подкрепа за QSAR (Количествено Структура & ndash; дейност Връзки). Описания, както и вградени алгоритми за подкрепа на теорията за химическия графика

За ваше удобство, заявлението се разпространява като предварително изграден бинарни файлове във формат JAR файл. За да го използвате във вашия проект, просто да изтеглите последната стабилна версия от Softoware помощта на линка по-горе, където също можете да откриете програмата & rsquo; с. Източник архив,

Програмистите ще намерите подробна информация за това как да компилирате програмата от източници, как да стартирате различни тестове, както и как да го използва в други програми в README.txt файла, който се намира вътре в архива на tar.gz.


Под предния капак и поддържани ОС

Като погледнем под капака на CDK (Chemistry Kit развитие) софтуер, ние можем да споменем, че тя е била написана изцяло на езика за програмиране Java.

В момента, той е напълно съвместим с 32-битови и 64-битови аромати на GNU / Linux, Microsoft Windows и операционни системи Mac OS X. Въпреки това, той трябва да работи с всяка операционна система с подкрепата на Java Runtime Environment (JRE) & Nbsp; и Java развитие кит (JDK) & Nbsp; технологии

Какво ново в тази версия:

  • The официално обвинение на IAtomcontainer се прехвърлят на IMolecularFormula
  • Фиксирана бъг 2787332 стария масив на облигации в изчисляването на Gasteiger такса е създадена, за да
  • Обновено да фиксира бъг 2788357 SMARTSQueryTool сега хваща TokenMgrError в строителния
  • Добавена е нова taglet да обработва cdk.githash тагове и връзки Javadocs до източници в Git репо
  • Обновен cdk.svnrev тагове към cdk.githash тагове
  • Bug_2787332. Добавен тест за молекулата триклозан (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Премахнато остарели рендер код: или използване CDK-1.0.x или jchempaint-първичен
  • Добавен тест за бъг 2786624 тестови анализатор пакета
  • Добавени линкове към страници PMD
  • Добавен линк към JUnit статистика
  • добавени в списъка на класовете в модула, с линкове към Nightly @ Пеле
  • Добавено създаден за създаване на модул HTML страници
  • Добавено създаден за създаване на модул HTML страници

Какво ново във версия 1.5.10:

  • The официално обвинение на IAtomcontainer се прехвърлят на IMolecularFormula
  • Фиксирана бъг 2787332 стария масив на облигации в изчисляването на Gasteiger такса е създадена, за да
  • Обновено да фиксира бъг 2788357 SMARTSQueryTool сега хваща TokenMgrError в строителния
  • Добавена е нова taglet да обработва cdk.githash тагове и връзки Javadocs до източници в Git репо
  • Обновен cdk.svnrev тагове към cdk.githash тагове
  • Bug_2787332. Добавен тест за молекулата триклозан (InChI = 1 S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
  • Премахнато остарели рендер код: или използване CDK-1.0.x или jchempaint-първичен
  • Добавен тест за бъг 2786624 тестови анализатор пакета
  • Добавени линкове към страници PMD
  • Добавен линк към JUnit статистика
  • добавени в списъка на класовете в модула, с линкове към Nightly @ Пеле
  • Добавено създаден за създаване на модул HTML страници
  • Добавено създаден за създаване на модул HTML страници

Какво ново във версия 1.2.2:

  • Фиксирани връзки. Субоптималната, като пътят все още е кодиран към един Nightly инстанция, но ние нямаме рамките XML още да обобщим нещата над всички Nightlies (работи
  • Обновено брой версия
  • Добавен тест, за да се гарантира, IAtomContainers не се е промъкнал в процедура IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
  • презаписани addAtomContainer (IAtomContainer, двойно) също да се хвърли IllegalArgumentException когато не-IMolecule се предава
  • Сега хвърля IllegalArgumentException, когато се опитах да се съхранява на IAtomContainer което не е IMolecule
  • Добавен единица тест за # 2784182
  • нов тест с резерпин
  • Добавени taglets за резби безопасност
  • С един атом или по-малко, ние определяме това да бъдат свързани, тъй като няма нужда от разделяне (поправки # 2784209, NullPointerException на IAtomContainer без никакви атоми)
  • Добавен единица тест за бъг # 2784209, които в момента не успее
  • Повече отстраняване на имена изрично org.openscience.cdk пакетни: хвърля клаузи
  • Повече отстраняване на имена изрично org.openscience.cdk пакетни
  • Повече отстраняване на изрични имена org.openscience.cdk пакетни: за нов org.openscience.cdk.Foo () призовава
  • Премахнато изрични org.openscience.cdk.interfaces пакети имена (поправки # 2783549)
  • Премахнато изрични имена на пакети, в полза на вноса, за org.openscience.cdk в модула за datadebug (поправки # 2783549)
  • Премахнато изрични имена на пакети, в полза на вноса, за org.openscience.cdk в модула за данни (поправки # 2783549)
  • пробив на опция рекурсия на AllRingsFinder
  • Извличане от низ елементарна формула на таксата.
  • Извличане от низ елементарна формула на таксата.
  • Контролер на масата, когато той е извън диапазона
  • Обновено да добавите интелигентно H е до PLANAR3 N, фиксира бъг 2781199
  • Добавен тест за бъг 2781199
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва корен изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва кореновата изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва кореновата изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва кореновата изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва кореновата изключение да запази стека
  • призовава да CDKException конструктор прави в рамките на един блок улов сега включва кореновата изключение да запази стека
  • Добавен единица тест, за да се гарантира, SD полета са прочетени за всички молекули
  • разделим тест
  • нови файлове
  • повече тестове за ХМЛ четене
  • тест Добавено единица за # 1848591: неправилно Murcko рамка
  • Фиксиран гласове, премахване на излишни пълно име на пакет
  • Добавен единица тест за # 2692107
  • Фиксиран печатна грешка: липсва е "

Какво ново във версия 1.2.1:

  • Фиксирана бъг 2,714,283, който правилно хвърля изключение, когато пръстени не са затворени правилно. Ако един пръстен не се затваря с подходящ брой пръстен, InvalidSmilesException е хвърлен. Мачове Daylight поведение
  • Фиксирана бъг 2729120 и добавя единица тест
  • Обновено коментар да се фиксира бъг 2768643.
  • Частично решение за бъг 2719237. Made getBondOrderSum статично, добавя единица тест за него
  • Типо: proteinl - & GT; протеин
  • Произведено клас публичен, за да Unbreak да го добавите към изграждане / *. Javafiles
  • Частично фиксирани SMARTS съвпадение за R0. Обновено прицелна молекула инициализация изрично да се посочи атоми не в един пръстен и обнови RingMembership атом, за да се направи ясна проверка, когато е посочено R0. Частична фиксира бъг 2587204
  • Фиксиран тест съмнителен равенство. Един частен метод проверяваше Двойни обекти чрез препратка. Работи добре, когато са били нула. Не пропуска, когато ние трябва да се сравни с стойност. Код се актуализира, за да го вземе под внимание. Добавен единица тест (и прави метода защитени, така че да може да се провери)
  • Добавен тест метод анотация. Завършва покритие за модул данни
  • Refactored ChiIndexUtils да го правят опаковат лично. Почиства публично API, тъй като тя се използва само от чи ЕВРОВОК код. Обновено всички зависими класове. Преместен тест код (които трябва да бъдат попълнени!), Както и
  • Код почистване на ChiIndexUtils. Реализирано с 1.5 идиоми
  • Ликвидиране на PathTools и добавя метод за изпитване анотация, така че ядрото е изцяло покрита
  • Фиксиран предишното ангажират да редактирате cdk.keyword линия, не на cdk.module линия
  • Повече последователни ключови думи, използвани
  • Добавен тест, за да се гарантира, че Integer обекти са в сравнение със стойност, отколкото справка
  • Добавен тест случай да се провери, че атом контейнерни diffs са правилни, когато се използва deserialized обекти
  • Фиксиран IntegerDifference, така че тя действително проверява стойността на цяло число, а не номерата на обекта число. Решава проблема, при който един обект сериализиран на диск и след това deserialized не съответства на оригиналния обект (т.е., не е празна разл низ)
  • Приложна кръпка # 2675819 (Stefan Kuhn): Patch да добавите removeReaction да reactionSet
  • използване интерфейс вместо изпълнение
  • Премахнато неизползван внос
  • Използване IAtomContainer вместо IMolecule, като действителната съвпадение е, използвайки IAtomContainers вече (поправки # 2686249)
  • Фиксирана ClassCastException (поправки # 2685134)
  • Добавен приписвам източник да се определи изграждането на Ubuntu .deb
  • Фиксиран помогне за изграждане на система: използвайте doclet буркани в develjar /; актуализиран за нов SRC папка SRC / главната; отстранени много остаряла използване на rt.jar
  • Премахнати libdepends включват за тест-ioformats, които всъщност не трябва libdepends
  • Обновено така че ако мишена атом не е символ (като псевдо атоми) на мача връща невярно (а не NPE)
  • Фиксиран правилна работа на #N Smarts querys
  • Добавен тест за бъг 2686473
  • Добавена бележка на Ant 1.7.1 изисква
  • Фиксиран източник на NPE: "нула == 2" предизвиква изключение, така че първият тест за nullness
  • Фиксиран бележка за авторски права за 2009 г.
  • Фиксиран дубликат съхранение на шаблони за оформление, които принадлежат само в модула за SDG, не допълнителен модул твърде
  • Обединяване на клон "local1.2" на ../../ Git-SVN / CDK

Какво ново във версия 1.2.0:

  • Поправя няколко SMARTS разбор проблем, използване на две Писмо символи и IPseudoAtom в Fingerprinter и добавя 4 нови определения тип атом, за йод и сяра.

Какво ново във версия 1.1.5:.

  • Предимно корекции на грешки

Какво ново във версия 1.1.4:.

  • Предимно малки поправки

Какво ново във версия 1.1.1:

  • Предимно малки корекции на грешки и общ код почисти.

Какво ново във версия 1.1.0:.

  • Много, много промени

<силни> Изисквания :

  • Java 2 Standard Edition Runtime Environment

Подобен софтуер

Marvin
Marvin

14 Apr 15

Chemsuite
Chemsuite

3 Jun 15

GChemPaint
GChemPaint

2 Jun 15

Коментари към The Chemistry Development Kit

Коментари не е намерена
добавите коментар
Включете на изображения!
Търсене по категория