CodonW е програма, предназначена да опрости анализа Многовариантният (анализ кореспонденция) на използването на кодон и аминокиселина. Той също така изчислява стандартни индекси на използване на кодон. Той има както меню и от командния ред интерфейси.
Проектът CodonW е написана от Джон Peden в лабораторията на Пол Остър, отдел по генетика в Университета на Нотингам. John работи в човешката генетика и в момента се използва като ProCardis мениджъра на базата данни в WTCHG в Оксфордския университет.
Ето някои основни характеристики на "CodonW":
· Написано в ANSI съвместим C
· Menu задвижва
· Голям брой опции за командния ред
· Генетичния код независим
· Без ограничения върху
1. номер на последователности
Дължина 2. последователност
· Изчислява индексите на използване на кодон
Индекс Кодонна адаптация: 1. CAI
2. Fop: Честота на оптимални кодони
3. Nc: Ефективен брой кодони
4. CBI: кодона Index
· Изчислява индекси аминокиселинни
1. СОС полувремето
2. Ароматни
· Изчислява кореспонденция анализ на
1. използването на кодон
2. RSCU (Relative синоним използване на кодон)
3. Аминокиселинен ползване
· Общуване анализ
1. могат да включват / изключват кодони / аминокиселини
2. може да генерира подробни доклади от тенденциите
3. опити за определяне на оптимални кодони автоматично
4. може да позволи допълнителни данни приемник, да бъде добавен
5. записва произволен брой тенденции
· Изчислява генни параметри
Дължина 1. Gene
2. GC, GC3s и кодон позиция специфичен G + C
3. динуклеотид състав (в трите кодон рамки)
4. Аминокиселинен ползване
5. Относителен ползване аминокиселина
6. използване на кодон
7. Относителен Синоним използване на кодон
· Може концептуално превежда последователности към протеин
· Преформатира данни последователност
· Human или машинно четим изходен
· Могат да свързвам гени (при запазване на рамка за четене), за да се изчисли
1. цялостното използване на кодон
Съдържание 2. GC
3. Динуклеотид състав
· Генерира маси на кодон, аминокиселина, или използване RSCU
· Дори може да ви помогне да научите на генетичния код.
· И повече
Коментари не е намерена