Benchmark Системата за биоинформатика е опит да се изгради един разумен тестване рамка, тестове, както и данни, за да се даде възможност на крайните потребители и търговци, да вникне изпълнението на техните системи.
Това, което ние се опитваме да направим, е да се създаде рамка за изпитване, както и основен набор от тестове, че всичко може да изтеглите и използвате, за да разследва конкретни елементи на производителността системи.
Освен това, източникът на тези тестове са на разположение под GPL, и се хоства на Bioinformatics.org и Scalable информатика LLC Идеята е да се даде възможност на крайните потребители, потребители, системи за разработчиците и други лесно да се изгради и да използвате смислени тестове за измерване и регулиране причини ,
Joe Landman от Scalable информатика LLC роди идеята и пише на оригиналните кодове. Ние търсим за допълнителни бенчмарк предложения код, тестове, набори от данни и т.н.
Актуални изходни тестове няколко NCBI BLAST писти, няколко HMMer писти, както и разнообразие от други. Ние планираме да се включат ClustalW, X! Tandem, различни химия, динамика, и свързаните с тестове, както и няколко други.
Тестове като LINPACK или HPL просто не осигуряват значими показатели за изпълнение или прогнозни модели за високи информатика представяне. За съжаление, нито редица по-нови и целенасочени изследвания.
Това е проблем, тъй като LINPACK и HPL специално тестване на производителността на различни операции матрица, в която трябва ефективно редовни модели достъп до паметта, както и специфични математически операции.
Тези кодове са най-полезни за сравнение с кодове с тежки операции с плаваща запетая, и препокриване на трафика памет. Тези кодове не са създадени за цялостни системи за бенчмаркинг, където диск I / O, латентността на паметта, както и други фактори допринасят за проблемите с производителността.
Най-добрите тестове са тези, които са най-подобни на кодовете ще се движат по машината. Тестовете самите трябва да бъдат разумни приближения до реално изпълнение на своя код, като се използват реални данни. Може да се наложи да я изреже назад, за да получите реалистични работи доста по.
Трябва да има разумен набор от размери на данни. Само един тест не ви кажа как везни вашата система, както и една от причините за съществуването на това изпитване е специално, за да ви позволи да тествате изпълнението, докато се увеличи различни аспекти на работното натоварване.
Рядко се получи летаргичен система в клъстер, така че ние ще ви препоръчваме да опитате да се движи в най-реалистично работна среда, колкото е възможно. Базово в летаргичен система е добре, но тя може да определи вашите очаквания неоснователно.
топ
Коментари не е намерена