tapir

тапир е Python инструмент, който съдържа програми за оценка и парцел филогенетичното информативност за големи масиви от данни.
<Силен> Цитирайки тапир
При използване на тапир, моля, цитирам:
- Faircloth BC, Chang J, Алфаро ME: тапир позволява висока производителност анализ на филогенетичното информативност.
- Townsend JP: Профилиране филогенетичното информативност. Системно Biol. 2007, 56: 222-231.
- Pond SLK, Frost SDW, Muse SV: HyPhy: тестване на хипотези, използващи филогени. Биоинформатика 2005, 21: 676-679.
<Силен> Инсталиране
За момента, най-лесният начин за инсталиране на програмата е:
Git клонинг Git: //github.com/faircloth-lab/tapir.git / път / до / тапир
За да изпълните теста:
CD / път / до / тапир /
тест Python / test_townsend_code.py
<Силен> Използвайте
Кодът на estimate_p_i.py призовава партида файл за hyphy, че е в шаблони /. Този файл трябва да бъде в една и съща позиция по отношение на където и да сложи estimate_p_i.py. Ако инсталирате изтънява както по-горе, ще се оправи, за момента.
За да изпълните:
CD / път / до / тапир /
питон tapir_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
& Nbsp; - изход Output_Directory
& Nbsp; - епохи = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - пъти = 37,93,100,170
& Nbsp; - многопроцесорна
--multiprocessing не е задължителна, без нея, всеки локус ще се извършват последователно.
Ако вече сте изпълнили горните и записани резултатите на вашата папка изход (виж по-долу), можете да използвате предварително съществуващи записи на сайта ставка, а не оценка на тези, пак с:
питон tapir_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
& Nbsp; - изход Output_Directory
& Nbsp; - епохи = 32-42,88-98,95-105,164-174
& Nbsp; - пъти = 37,93,100,170
& Nbsp; - многопроцесорна
& Nbsp; - на мястото на ставки
<Силни> Резултати
тапир пише резултати на SQLite база данни в изходна директория по ваш избор. Тази директория също така притежава файлове проценти сайт в JSON формат за всеки локус преминал през tapir_compute.py.
Можете да получите достъп до резултатите в базата данни, както следва. За повече примери, включително заговор, вижте документацията
- Манивела SQLite:
& Nbsp; sqlite3 Output_Directory / филогенетичното-informativeness.sqlite
- Получи интегрални данни за всички епохи:
& Nbsp; изберете локус, интервал, пи от локуси, интервал, където loci.id = interval.id
- Получи интегрални данни за конкретна епоха:
& Nbsp; изберете локус, интервал, пи от локуси, интервал
& Nbsp; където интервал = '95 -105 "и loci.id = interval.id;
- Получите Брой на локуси с макс (PI) в различни епохи:
& Nbsp; създаде временна таблица макс като изберете ID, макс (PI), както макс от интервал група от ID;
& Nbsp; създаде временна таблица тон като изберете interval.id, интервал, макс от интервал, макс
& Nbsp; където interval.pi = max.max;
& Nbsp; изберете интервал, брои (*) от т група от интервал;
<Силен> Благодарности
Ние благодарим на Франсеск Lopez-Giraldez и Джефри Townsend за да ни предоставяте копие от техния уеб-приложение, изходния код. . BCF благодарение S Hubbell и P Gowaty

<силни> Изисквания

• Python
• SciPy
• NumPy
• DendroPy
• hyphy2 (моля изтеглите или изграждане на еднонишкови hyphy2)