E-Cell System

E-Cell System е концепция за изграждане на виртуални клетки на компютри.
E-Cell System е обектно-ориентиран софтуерен пакет за моделиране, симулация и анализ на мащабни комплексни системи като биологичните клетки, изготвените от Kouichi Такахаши и написани от един прекрасен екип от програмисти. Основна част от системата, E-Cell Simulation Environment версия 3, позволява на много компоненти, движени от множество алгоритми с различни периоди от време, за да съжителстват.
E-Cell Project е международен изследователски проект, насочен към разработване на необходимите теоретични основи, технологии и софтуерни платформи, за да се позволи точното целоклетъчен симулация.
E-клетъчна система се състои от следните три основни части:
- E-Cell Simulation Environment (или E-Cell SE)
- E-Cell Modeling Environment (или E-клетъчна ME)
- E-Cell Анализ Toolkit

<силни> Характеристики

<Ли клас = "bbli"> Основни възможности:
• Обектно-ориентирано моделиране и симулация на сложни системи.
• Plug-в областта на архитектурата. Може да бъде разработен нов потребител-класовете обекти, зарежда динамично, и се използва в симулация.
• реално време взаимодействие с потребителя и визуализация по време на симулацията.

<Ли клас = "bbli"> Scripting:
• Python скриптове на симулация сесия (манипулационни Run / стоп / параметър / обработка на данни и т.н. ...).
• Python скриптове на симулация експеримент, който включва много писти на симулацията сесии (като параметър тунинг, метаболитен анализ контрол и др ..)
• Python скриптове на поколение модел файл (например за автоматизиран модел строителство от бази данни).

<Ли клас = "bbli"> Съвместимост:
• ниво SBML 1/2 вносител.
• ниво SBML 1/2 износител.

<Ли клас = "bbli"> Parallel изчисление:
• със споделена памет, мулти-конец паралелизация на едновременна симулация. (За да се слеят в главния клон.)
• Cluster и решетка разпределени изчисления на множество симулации сесии. Sun Grid Engine, (Globus Toolkit).

Какво ново в тази версия:.

• Тази версия добавя различни поправки

Какво ново във версия 3.1.107 RC2:

• Фиксирана бъг в ecell.Session.saveLoggerData (). (Moriyoshi)
• Фиксирана бъг в ecell.ECDDataFile. (Moriyoshi)

Какво ново във версия 3.1.107 RC1:

• Фиксирана компилация проблем на нова GCC (& GT; = 4.3). (Moriyoshi)
• Интегрални pyecs в pyecell. (Moriyoshi)
• Обединения ecell.emc в ecell.ecs да се избегне статично инициализатор странност в някои платформа (включително Mac OS X). (Moriyoshi)
• Две GUI входни блокове (сесия-монитор и модел-редактор) бяха подновени да бъде два пакета от питон модули, ecell.ui.osogo и ecell.ui.model_editor. (Moriyoshi)
• Преместен GtkSessionMonitor да ecell.ui.osogo.GtkSessionMonitor, че пребивава в ecell / интерфейса / session_manager. (Moriyoshi)
• Преименувана ecell.SessionManager да ecell.session_manager. (Moriyoshi)
• Премахнато следните константи от ecell.ecs_constants. (Moriyoshi)