Генома-широк иРНК профилиране осигурява моментна снимка на състоянието на световната клетки при различни условия. Въпреки това, нивата на иРНК не осигуряват пряка разбиране на добивни регулаторни механизми. Expression2Kinases (X2K) е нов подход за определяне на добивни регулатори вероятно отговорни за наблюдаваните промени в генната експресия целия геном. Чрез интегрирането на чип сл / чип и позиционно-теглото матрици (PWMs) Данните, протеин-протеин взаимодействия, и киназа фосфорилиране на субстрат реакции X2K може да се използва за идентифициране на регулаторни механизми по горното течение на генома-широк разлики в генната експресия. Идеята е първо да се направи извод, най-вероятните транскрипционни фактори, които регулират различията в генната експресия, а след това използвайте протеин-протеинови взаимодействия, за да се свържете идентифицираните транскрипционни фактори, използващи допълнителни протеини за изграждане на транскрипционни регулаторни подмрежи, центърът на тези фактори, и най-накрая да използва киназа-субстрат фосфорилиране реакции протеини, за да идентифицират и ранг кандидатки протеин-кинази, които най-вероятно регулират образуването на идентифицираните транскрипционални комплекси. X2K съдържа и инструменти за извършване на ген-списък обогатяване анализи и предскаже лекарства, които може да отмени или да влошат промени в генната експресия. . Подходът на X2K може предварително нашето разбиране на клетъчната сигнализация и разкрият механизмите на действие на наркотиците
<силни> Изисквания
Java Runtime Environment 6.0
Коментари не е намерена