Open Babel

Open Babel е с отворен код, сътрудничество, свободно и многоплатформен софтуер библиотека, която е проектирана да действа като химически инструментариум, специално разработен, за да признае множество езици на химични данни. Това е просто наречен & ldquo; The Open Chemistry Toolkit & rdquo;. Удобства с един glanceWith Open Babel, потребителите ще могат да търсят, да анализира, конвертирате, и съхраняване на данни от химията, молекулно моделиране, биохимия, както и други свързани с тях области. Тя поддържа широк набор от общи химическа файлови формати, включително Mol2, SDF / MOL, PDB, XYZ, усмивки, и CML.
В допълнение, Open Babel осигурява набор от инструменти, химически MIME подкрепа пълен черта програмист, Smarts пасването, гъвкава атом / облигации Typer, водород заличаване и допълнение bitvector клас, матрични и векторни трансформации, както и тест suite.Under молекулно качулката и Поддържани операционни systemsOpen Babel е написана изцяло на C ++ езика за програмиране. Тя & rsquo; SA вярно многоплатформен софтуер, който поддържа GNU / Linux, BSD, Solaris, SGI, Microsoft Windows и Mac OS X операционни системи. И двете 32-битови и 64-битови компютри се поддържа официално към момента на написването this.Getting започна с Open BabelFirst на краищата, ние горещо ви препоръчваме да инсталирате Open Babel с помощта на предварително изграден двоични пакети от софтуерни подразбиране хранилищата на вашата Linux дистрибуция. Ако вашата GNU / Linux система неотворено & rsquo; нужно софтуера Open Babel в своите репо-сделки, тогава & rsquo; ще трябва да се съберат и монтаж на заявлението, като се използват универсални архивни източници, предвидени по Softoware.
Изтеглете Tarball (tar.gz архив), го разархивирайте на място по ваш избор, отворете терминален емулатор, навигирайте до екстрахира папка и изпълнете & ldquo;. Cmake & rdquo; команда (без кавичките), за да настроите на проекта. След това, трябва да стартирате & ldquo; да & rdquo; команда, без кавички, разбира се, да го компилирате. Моля, уверете се, че инструментът CMake в инсталиран на вашата операционна система преди горните инструкции

Какво ново в тази версия:.

• Тази версия представлява голяма грешка-Fix освобождаване и трябва да бъде стабилна ъпгрейд, силно препоръчително за всички потребители на Open Babel. Много бъгове и подобрения са били добавени през последните години, тъй като освобождаването 2.3.0.

Какво ново във версия 2.2.2:

• Тази версия представлява голямо освобождаване бъг-Fix и е стабилен ъпгрейд, силно препоръчително за всички потребители на Open Babel. Макар че може да не е много нови функции, много катастрофи и други бяха отстранени от 2.2.1.
• надстроена към новия InChI 1.02 освобождаването да произвежда стандартизиран InChI и InChIKey изход.
• Фиксирана много грешки Stereochemistry при четене / писане на усмивки. Това е част от по-голям проект, който ще бъде завършен в 2.3 версия.
• Фиксирана компилирането и инсталирането на Cygwin и MinGW платформи.
• Значително подобряване ароматичността и присвояване Кекуле връзка.
• Подобряване на 2D - & GT; 3D координира поколение
• Подобрена координира поколение използване --gen3d операция на командния ред
• Подобрена производителност за координиране на поколение.
• New --fillUC работа от команден ред за Бабел.
• Определя до рН-зависимо водород допълнение.
• Добавена е поддръжка за четене вибрационни данни от Molden, Molpro и NWChem изходните файлове.
• Updated атомен радиус от последните теоретични изчисления.
• Фиксирана бъг, когато четете GZIP-сгъстен Mol2 или XML файлове.
• Затвори файлове след грешка. Фиксира бъг с Pybel където файлове ще останат отворени.
• Много поправки повече бъгове и малки подобрения функция. == Нови файлови формати == внос и износ:
• Molpro вход и изход.
• VASP координират файлове (CONTCAR и POSCAR).

Какво ново във версия 2.2.1:

• Подобрени скриптови интерфейси, включително Python 3 подкрепа и подобрена Java и C # подкрепа.
• Добавена е поддръжка за MACCS пръстови отпечатъци. Благодарение на проекта на RDKit.
• Много поправки и подобрения в Кодекса на силовото поле. По-специално, прилагането силовото поле на UFF трябва да работят много повече молекули.
• Подобрена 3D координира поколение, особено с пръстенни фрагменти. Можете да дадете на този пробвам с obgen полезност.
• Фикс-различни грешки при внос на ППБ, с вида на атомите.
• Добавена е поддръжка за четене такси и радиуси от PQR файлови формати.
• Добавена е поддръжка за четене и писане на единични клетки в ППБ формати.
• New & quot; изход & quot; файлов формат за вземане родово & quot; .out & quot ;, & quot; .log & quot ;, и & quot; .dat & quot; файлове и четене с подходящия тип файл въз основа на съдържанието. В момента работи изключително добре за квантови пакети химия.
• Добавена подобрена обработка на грешки и докладване, когато не може да се зареди файлови формати.
• Подобрена CIF подкрепа файлов формат.
• Много, много, много допълнителни корекции на грешки и малки подобрения.