Cell електрофизиология Simulation Environment (CESE) е цялостна рамка, специално предназначен за извършване на изчислителни електрофизиологични симулации, например, симулации на сърдечна миоцитна електрическа активност.
Cell Електрофизиология симулация на околната среда е полезно за симулации на потенциали на действие, отделните йонни токове, и промени в йонни концентрации.
CESE е програма за по-платформа, тя работи на всяка система, която има Java Runtime Environment (JRE) версия 1.4 или по-висока. Тя е тествана на Windows, Linux, Solaris, MacOS X, и AIX.
CESE потребители
CESE е интегрирана среда за извършване на изчислителни симулации с помощта на различни електрофизиологични модели.
На този етап CESE позволява създаване и изпълнение на едноклетъчни моделите (съдържащи както Hodgkin-Хъксли (HH) и Markovian сегашните форми). Модели на електрическата активност на сърдечните миоцити с изходния код са включени в разпределението на CESE. Надяваме се да се увеличи броят на наличните модели, и се добавят някои невронни модели в бъдеще.
Основната сила на CESE е в неговата еднородност & # 65533; интерфейс програма остава същото за различни видове модели. Можете лесно да превключвате между модели и сравни симулация изходи. Параметрите на модела могат да бъдат модифицирани, избрани за производство и / или затегнат в същото, стандартен начин.
CESE разширява конвенционален електрофизиологично смисъла на "напрежение скоба". Можете да стяга почти всеки модел променлива, включително напрежение (мембранния потенциал), общо или на отделни йонни потоци, йонни концентрации, температура, чаващи променливи и др командите затягащите могат да бъдат сложни парче-мъдър функции, индивидуално определени за модел променливата на интереси , Това отваря безкрайни възможности за изследване на комплексен модел поведение.
CESE предоставя прости, но ефективни визуализации на данни. Симулационни резултати могат да бъдат представени в графичните и таблични форми. Парцели могат да бъдат персонализирани и региони на интереси увеличени.
Въпреки че CESE не е проектиран да бъде инструмент за анализ на данни, можете да генерирате взаимоотношения ток напрежение (I-ВС) и се изчислява на статистическите параметри за даден сигнал в рамките на програмата. Можете да експортирате вашите данни на ASCII, Axon текстов файл (ATF), и NetCDF формати, за да продължат анализа в любимия си пакет.
CESE разработчици
CESE е създаден от земята да се включат най-добрите практики на разположение на Java разработчици програмиране, както по отношение на потребителския интерфейс последователност и код яснота и повторна употреба. Където е възможно, CESE разчита на наличните Java APIs (например Java2D, JavaBeans, JAXP) да опрости кода.
Създаване на модел изисква редица къща-водене функции да бъдат кодирани & # 65533; те включват ОДУ интегратори, практики за работа с параметрите на модела, спестяване / възстановяване модел състояние, визуализиране на резултатите от симулацията и др CESE ви осигурява изпълнението на тези практики, по този начин, можете да се концентрирате върху писането на код за бетон йонния ток (а), и CESE ще се справят с останалите.
CESE не се опитва да създаде сложни програмни рамки, по своя собствена & # 65533; Вместо това, тя използва основни Java APIs. Така например, моделите са Java компоненти, съответстващи на спецификацията на JavaBeans. Ние използваме XML да се уточни стягащи команди, и Java обект сериализация да спаси / възстановяване параметрите на модела.
Какво е новото в тази версия:
Коментари не е намерена