BioRuby

BioRuby предлага интегрирана среда за Биоинформатика (Biology Информация науката).
Обектно-ориентирано скриптов език Ruby има много функции, подходящи за биоинформатиката изследвания, например, ясно синтаксис за изразяване на сложни обекти, регулярни изрази за обработка на текст като мощни като Perl & rsquo; ите, голямо разнообразие от библиотеки, включително уеб услуга и т.н.
Както синтаксиса Ruby е проста и много чисти, ние вярваме, че е лесно да се учи за начинаещи, лесен за използване за биолози, а също и достатъчно мощен за разработчиците на софтуер.
В BioRuby, разработчикът може да извлече биологични записи на бази данни от плоски файлове, интернет уеб сървъри и локални релационни бази данни.
Тези записи на бази данни могат да бъдат анализирани, за да се извлече нужната ви информация. Биологични последователности могат да бъдат лекувани с задоволяващите методите на Ruby & rsquo; ите String клас и с регулярни изрази.
Библиотеката може да се интегрира с инструменти като Blast, FASTA, Hmmer и много други софтуерни пакети за биологическо анализ.
 BioRuby поддържа основните формати биологична база данни и предоставя много начини за достъп до тях чрез flatfile индексиране, SQL, уеб услуги и др Различни уеб услуги, включително KEGG API може лесно да се използва от BioRuby.

<силни> Характеристики

• BioRuby черупки
• API
• Documentation

<> силни Изисквания

• Ruby 1.8.7 или по-висока