POY

POY е филогенетичен анализ, програма, която поддържа множество видове данни (например морфология, нуклеотиди, гени и генни региони, хромозоми, геноми и пълнозърнести). POY е специално с това, че той може да изпълнява истинската привеждане в съответствие и филогения извод т.е. входни последователности не трябва да се prealigned. Вмъквания, заличавания и преустройства, а след това могат да бъдат включени в общата оценка дърво под Максимална пестеливост, или в модела под Максимална Вероятност. Разнообразие от евристични алгоритми са разработени за тази цел и се изпълнява в POY.