SeedWaterSegmenter

SeedWaterSegmenter е графичен инструмент Python за интерактивно сегмент снимка купчини от клетки в тъканите с EDGE-етикети & Nbsp (известен още като бели очертания.);. Взаимодействията се основава изцяло на редактирането на семена, които от своя страна се разширява с вододел алгоритъм. Основната разлика между SWS и други инструменти е, че можете да поставите повече от едно семе на една клетка, която може да ви помогне да настроите границите на трудни клетки.
SWS е построен на върха на wxPython, matplotlib, numpy, scipy и mahotas.
В същността си, тя използва алгоритъм за вододел на светкавично бързо (благодарение на проекта на mahotas) и позволява актуализации в реално време. Тя има прост (ако затрупана) UI и е напълно интерактивна, дори включително 1-ниво Undo.
Публикуването за SWS, че дава всички тези детайли и повече в Cytometry Част A:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cyto.a.22034/abstract
Изходният код се отразява на четири хранилища и да PyPI:
- GitHub: http://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/
- Bitbucket: http://bitbucket.org/davidmashburn/seedwatersegmenter
- Gitorious: http://gitorious.org/seedwatersegmenter
- Google Code: http://code.google.com/p/seedwater/
- PyPI: http://pypi.python.org/pypi/SeedWaterSegmenter
Страницата с Google Code също има някои двукомпонентни пресата (http://code.google.com/p/seedwater/), които следва да работят на 32-битов Windows или 64-битов Linux, но сега те са стари. Моля, използвайте "easy_install" метода на предприятието.
За повече информация, вижте Python Инсталирайте Инструкции 20XX.txt Може би ще искате да прочетете ръководството: SeedWater Segmenter V хх Manual.txt
<Силен> инсталация и стартиране на
Инсталиране най-накрая е лесно!
В действителност, сега можете да "easy_install SeedWaterSegmenter"
Основни указания:
Windows / Mac:
& Nbsp; Инсталирайте Enthought Python Разпределение http://www.enthought.com/products/edudownload.php
Ubuntu / Debian:
& Nbsp; ап-да инсталирате Питон setuptools Питон wxtools питон-numpy питон-scipy питон-matplotlib питон-образна питон-xlrd питон-xlwt
В CMD прозорец (трябва да работи като администратор под Windows Vista / 7) или Terminal (Mac / Linux), изпълнете:
& Nbsp; easy_install mahotas cmpGen EllipseFitter FilenameSort GifTiffLoader ImageContour SeedWaterSegmenter
Подробни инструкции:
Най-новата версия се нарича:
"Python Инсталиране Инструкции 2012.txt август"
https://github.com/davidmashburn/SeedWaterSegmenter/blob/master/Python Инсталиране Инструкции 2012.txt август

<силни> Изисквания :

< Li> Python