Софтуер снимки:
Софтуер детайли:
Версия: 4.0.1 актуализира
Дата на качване: 7 Mar 16
Розробник: The relax team
Разрешително: Безплатно
Популярност: 64
отпуснете е с отворен код и свободно да се разпространява софтуерен проект, който е бил предназначен за изучаване на молекулярната динамика чрез анализиране на експериментални ЯМР данни, подкрепящи органични молекули, РНК, протеини, захари, ДНК, както и много други биомолекули.
Удобства в един поглед
отпуснете поддържа няколко ЯМР теории, прилага различни инструменти за анализ на данни, като модулни компоненти, и тя може да се намесвам с други програми, като Даша и Modelfree. Освен това, тя поддържа широк спектър от ЯМР теории, включва няколко инструмента за анализ на данни, позволява на потребителите да визуализират данни, както и да си взаимодействат с други програми.
Оферти CLI и графичните среди
Независимо от факта, че прилагането идва с двете CLI (командния ред интерфейс) и GUI (графичен потребителски интерфейс) на предния край, няколко трети страни, графичен потребителски интерфейс (ГПИ) съществува за релакс.
Поддържа различни типове анализи
Сред поддържаните видове анализи, релакс може да се справи дисперсия релаксация, последователност тестване на множествена поле ЯМР (ядрено магнитен резонанс) данни за релаксация, N-държавен модел и поръчка рамка, модел без анализ, R1 и R2, NOE, RSDM (Намалена спектралната плътност Mapping), както и разследвания стереохимия.
Създаване на много сложни скриптове
За да се автоматизира процеса на анализ на данни, че е възможно да се създаде много сложни скриптове чрез използване на строителни блокове. За това, разработчиците предлагат различни примерни скриптове, които ще ви помогнат да се разбере изграждането на скрипта и по-лесно да създадете свой собствен.
Под предния капак, подкрепена ОС и наличности
Търси под капака, можем да забележим, че програмата е написана изцяло на езика за програмиране Python и използва по-платформа Qt GUI инструментариум за нейното графичен потребителски интерфейс, което означава, че работи върху Linux, Microsoft Windows и Mac OS X операционни системи.
Заявлението е на разположение за изтегляне като двоични архиви за много GNU / Linux операционни системи, поддържащи и двата 32-битов (x86) и 64-битова (x86_64) набор инструкции архитектури, както и архив, източник.
Какво ново в тази версия:
- Характеристики:
- Много подобрения за съставянето на HTML версия на ръководството за релакс.
- Обновено отпуснете, за да се премахнат всички FutureWarnings от numpy & GE; 1.9, за бъдещи приложения отпуснете срещу предстоящите промени в поведението numpy.
- Способност да се справят с повторен R2, EFF точки с данни от функцията за relax_disp.r2eff_read потребител, но добавянето на 0.001 до стойността на честотата за повторен точка.
- Нов проба скрипт за зареждане на файл модел без резултати и гърба-изчисляване на данните за релаксация.
- Подобрения за обработка на структурни данни ППБ.
- Прилагане на функцията за употреба на structure.pca за извършване принцип анализи компонент (СПС) на ансамбъл от структури.
- Добавяне на скрипт за бързо разполагане на инфраструктурата на Google Cloud Computing.
- Промени:
- Fix за твърда рамка модел, за втората степен матрица, за рамка в ръководството. е бил използван неправилен символ.
- Премахнато newparagraph и newsubparagraph дефиниции от инструкцията за LaTeX. Те са били причинява конфликти с latex2html, предотвратяване на HTML версия на инструкцията да бъде компилиран. Тези определения са излишни за текущата, създаден от разделителните в ръководството.
- Променено на кратки надписи в новата рамка модели глава на ръководството. рунически A> Z символ е заменен просто с "Daeg". Това се дължи на несъвместимост с latex2html което предотвратява ръководството на HTML да бъде компилиран.
- Премахване на определянето на фиксирана ширина маса колона от LaTeX употреба преамбюла на. Това е необходимо, тъй като счупи дефиниция latex2html съвместимост, причинявайки корупция във фигура номерацията на получената в образите в HTML кода, за да бъде по същество рандомизирани.
- Премахване на пакет акценти да позволи инструкцията за HTML, за да се компилира. Пакетът акценти LaTeX не е съвместим с latex2html, така че най-лесният Уговорката е да се премахне този пакет.
- Ръчно завърта рамковия елемент, за да матрица EPS ръчни фигури, за latex2html съвместимост. Командата '90 върти "е изтрит и граничната кутия дейонизирана като б в г - & GT; б -С г -а. Това позволява аргумент на ъгъл в includegraphics {} команда, за да бъде премахнато, тъй като latex2html не признава това. Тя позволява на фигурите, за да бъдат видими в HTML версия на инструкцията.
- Редизайн на масата параметър гнездене на поръчка рамка в инструкцията за latex2html съвместимост. Таблицата използва пакет tikz, което е фатално за latex2html, дори ако не се използва. Ето защо на масата в Документи / латекс / frame_order / parameter_nesting.tex файл е превърната в самостоятелен документ, LaTeX за създаване на изрязаното послепис версия на масата за tikz форматиран. Компилация скрипт е добавен, както добре. Полученият файл * .ps сега е включена в раздела за PCS числено интегриране, а не този раздел създаване маса tikz. Всички текстове tikz преамбюл е била отстранена, за да се даде възможност latex2html да тече.
- Временно решение за latex2html не е в състояние да се справят с пакет allrunes или свързан шрифт. В преамбюла htmlonly среда, символи на ред рамка са преформулирани, използвайки текста "Daeg" вместо на рунически символ A> Z.
- поправки за суб и горни целия ръководство. Това въвежда {} около всички подсистеми и горни индекси textrm {} случаи. Това не е необходимо, за PDF версия на наръчника като липсва скоба проблем се избягва, но това се отразява на HTML версия на инструкцията, съставен от latex2html, която изисква правилното нотация. Поправки са както за новата глава, за рамка, както и глава на дисперсия релаксация.
- редактиране и поправки за да се отпуснат 4.0.0 част от досието на промени.
- актуализира и подобрява инструкциите на уики в документа за релакс освободи контролен лист.
- Още едно уики инструкция за проверка за мъртви връзки в документа за контролен списък освобождаване.
- Повече незначителни промени в секцията 'СЪОБЩЕНИЕ "на документа за контролен списък освобождаване.
- Обновено шелскрипт за намиране на дублирани заглавия в латекса досиетата на ръководството.
- Превърнат в два екземпляра титлата намери скрипт в Python скрипт. скрипт Python е много по-напреднали и използва различна логика да се произведе маса на репликират заглавия и им брой. Сценарият също връща провали статут на излизане, когато съществуват повторения.
- Превърната на повторен титлата намиране Python скрипт да се използва структура клас. Това позволява на скрипта да бъдат внесени като модул. Констатацията на копие е изместен в находка () метод на клас.
- Преименувана титлата на копие намери скрипт.
- Премахнато дубликата на титлата LaTeX намери скрипт. Това сега е спасен от много по-напреднали Python скрипт.
- компилацията The Scons на ръководствата на PDF и HTML сега проверява за повторен заглавия. А нова цел replicate_title_check е добавен към скриптове scons. Това налага метода на находка () на копие LaTeX заглавие констатация скрипт, за да се определи дали всички заглавия се повтаря, и ако е така на scons насочени връща с sys.exit (1) повикване. Тази цел е зададен в началото на цели на user_manual_pdf, user_manual_pdf_nofetch, user_manual_html, user_manual_html_nofetch scons. Резултатът е, че ръководството не може да бъде съставен, ако съществуват дублиращи заглавия, принуждавайки заглавията да бъдат променени. Резултатът ще бъде, че всички страници на HTML ще бъде уникален, като повторен заглавия резултати само в една HTML страница е създадена за всички раздели.
- Елиминиране на репликират заглавия в източниците на латекса, че въведените нови глави ред кадър.
- Премахване на старата повторен заглавие в източниците на латекс за ръководство. Това е заглавието "Модел без анализ", който се използва за цялата глава специфичен анализ, както и за секцията модел без анализ на ценностите, наклони и Hessians за глава оптимизация.
- Поправя и подобрени разпечатки за replicate_title_check scons мишена.
- Обновено всички отпуснете за защита срещу бъдещи промени, настъпващи в пакета за numpy Python. От numpy версия 1.9, на FutureWarning __main __: 1: FutureWarning: сравнение `Няма такива ще доведе до elementwise сравнение обект в бъдеще. се разглежда в по-голям процент от всички отпуснете Потребителско функции. Това е хванат и се превърна в RelaxWarning с едно и също послание. Въпросът е, че поведението на операторите за сравнение == и! = Ще се промени с бъдещите numpy версии. Те са заменени с е и не е в рамките на база почивка код. Промени са направени и за пакети minfx и bmrblib да съвпадат.
- Повече бъдеще защита срещу numpy промени. The FutureWarning е `rank` е отхвърлена; използвате `ndim` атрибут или функция, вместо. За да намерите в ранг на матрица видите `numpy.linalg.matrix_rank`. Затова N-държавния метод модел целевата функция paramag_info на () е актуализиран, за да използвате .ndim атрибута и по-дълго ползване numpy.rank () функцията.
- Създаден тест система Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. Това има за цел да улови бъг # 23933, на "NameError: глобалното наименованието" документи за самоличност "не е определено" проблем при зареждане на данни за релаксация. Пресечен версия на ППБ данните на файловете и релаксация, пълните версии на които са приложени към доклада на бъг, състоящ се само от остатъци 329, 330, и 331 са били добавени към тестов пакет споделени директории с данни, и тест на системата, написани на хване NameError.
- Обновено тест система Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids да хване RelaxMultiSpinIDError. Това позволява изпитването на системата да мине, тъй като се очаква RelaxMultiSpinIDError.
- Обновено minfx и bmrblib версии в документа за контролен списък за освобождаване на до 1.0.12 и 1.0.4. Това е да се премахнат numpy FutureWarning съобщения за == None и =! Нула сравнения с numpy структури от данни, които в бъдеще ще се променят в поведението.
- увеличи GNA! новина, разделящ дълбочина в документа за контролен списък освобождаване.
- Разширена описанието на функцията sequence.attach_protons потребител. Това следва от http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
- Добавен първоначални данни за данни за тестване от Paul Schanda. Това ще покаже, че има няколко възможности за увеличаване на R2, EFF метода точка.
- Добавен тест система Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Това ще се изравнят на заемане на ценности Нан.
- Произведено допълнителна проверка в последователност четене, че Нан стойности, се пропускат.
- Уверете се, че повторен 4000 Hz точката за експеримента на 950 MHz не се презаписва.
- В теста за система Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015, добавя тест за преброяване на R2, EFF стойности. Това показва, че повторен R2, EFF при 950 MHz / 4000 Hz точка се презаписва. Разтвор може да се променя честотата на дисперсия много малко, за да се позволи добавянето на точката на данни.
- добавени допълнителни тестове, за да Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. Това ще покаже, че репликира на R2, EFF стойности не се работи добре.
- В функцията на r2eff_read в модул данни от дисперсията, добавя възможностите да четат R2, EFF стойности, които се повтарят. Това се прави първо проверяваме дали е ключът на дисперсия в R2, EFF речника. Ако има, да продължи да добавите 0.001 до честотата, докато съществува нова възможност. Това би трябвало да помогне за справяне с много R2, EFF точки, като отделни стойности и не вземе решение да ги средно.
- Добавен очакването за повишаване на отпуснете грешка, ако се опитва да се парцел и няма информация, модел се съхранява.
- Повишаване на грешка, ако заговор дисперсионни криви, а не модел е спасен.
- Променена например скрипт за анализиране на данни.
- Extended тест система Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 да се включи автоматично анализ и скупчени припадъци. Това трябва да покаже, че анализът вече е възможно.
- Добавен временно състояние и скрипт за настройка на GUI на данните Paul Schanda.
- Добавен тест Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. Това ще покаже, че зареждането състояние ще създаде проблем. Traceback (най-новата покана последния): Тип грешка:. INT () аргумент трябва да бъде низ или число, не "NoneType"
- Добавен скрипт проба за данни за релаксация резервни изчисляване от файл модел без резултати. Това е полезно, когато файлът на резултати не е окончателния модел, тъй като те резултати файл не съдържа данните резервни изчислява. Това е в отговор на искане за поддръжка # Кристина Moller е 3303.
- Използване на Гари lib.float.isNaN () вместо math.isnan (), за да има обратна съвместимост с питон 2.5.
- Fix за правописна грешка и документиране на новото поведение на relax_disp.r2eff_read, когато четете R2, EFF точки с една и съща честота. Ако спин-контейнер, вече съдържат R2, EFF стойности с "честотата на пулса CPMG" или "спин-заключване напрегнатост на полето", честотата ще се промени с безкрайно малка стойност на + 0.001 Hz. Това даде възможност за дубликати или повече от една и съща честота.
- Изменено вътрешния структурен обект да бъде по-малко повлияни от формата на ППБ. Серийният номер PDB е сега интелигентно борави, в който тя се връща към 1, когато се създава нов модел. Тази информация все още се пази за подкрепа на логиката на четене на записите на CONECT, и ще бъдат отстранени в бъдеще. Информацията за ID верига е сега вече не се съхранява във вътрешния структурен обект, тъй като тази информация е пресъздадена чрез функцията structure.write_pdb потребителя въз основа на това как е бил създаден на вътрешния структурен обект.
- Актуализации на класовете за изпитване на Ной и структура на системата за провеждане на вътрешни структурни промени на обекта. Серийният номер сега може да се нулира, и информация за ID верига вече не се съхранява.
- Добавен файл в апартамента на споделеното тестовите данни в подкрепа на прилагането на структурния анализ PCA. Това е N-домейна на ПАМ-IQ комплекс, използвани в анализа на заповед за рамка. Тя е на първите 5 структури от повикване на функцията frame_order.distribute потребител, с различни твърди телата се сляха отново заедно в една-единствена молекула.
- Създаден края функция предния на structure.pca потребител. Това в момента е по подобие на рамката на structure.rmsd потребителското функция.
- Basic изпълнение на structure.pca потребителското функция обратно края на. Това е функцията на модула за pipe_control.structure.main ново СПС (). Тя просто изпълнява някои проверки, сглобява атомните координати, и предава управлението на функцията за релакс библиотека pca_analysis () на момента неизпълнени lib.structure.pca модул.
- Частично изпълнена от анализа PCA в отпуснете библиотеката. Това е за нова функция structure.pca потребител. Модулът за lib.structure.pca е създаден, и функцията pca_analysis () е създаден, за да се изчисли матрица структура ковариация, чрез функцията за calc_covariance_matrix (), и след това да се изчисли на собствени стойности и собствени на матрицата на ковариация, сортирането им и съкращаване на желания брой режими на СПС.
- Добавен аргументите на алгоритъм и num_modes към функцията structure.pca потребител. Те са преминали през целия път в библиотеката гръб на релакс.
- Изпълнено алгоритъма SVD за анализ PCA в отпуснете библиотеката. Това просто призовава numpy.linalg.svd ().
- Анализът на СПС в отпуснете библиотеката сега изчислява проекциите на структура по компютрите.
- Функцията PCA анализ в отпуснете библиотеката вече е връщане на данни. Това включва стойности СПС и вектори, както и прогнозите на структура.
- стойности СПС и вектори, както и прогнозите на структура в момента се съхраняват. Това е в structure.pca потребителското функция гръб на в модула за pipe_control.structure.main.
- Добавен формата и реж аргументите на функцията structure.pca потребител. Това е до предната и задната свършва.
- Модифицирани на assemble_structural_coordinates () метод, за да се върне повече информация. Това е от модула pipe_control.structure.main. На списъци булев аргумент вече е приета, която ще доведе до функцията за допълнително върне списък обект ID за молекула, списъка с номер на модела на молекула, и списъка с молекула име на молекула.
- Функцията structure.pca потребителското сега създава графики на прогнозите на PC. Това включва PC1 vs. PC2, PC2 vs. PC3 и др.
- Добавен резултатите от GROMACS PCA за файла distribution.pdb. Това включва скрипт използва за изпълнение на всички части на GROMACS и всички изходни файлове.
- актуализиран резултатите GROMACS PCA за най-новата 5.1.1 GROMACS версия.
- Създаден първоначален тест Structure.test_pca система. Това се изпълнява новата функция structure.pca потребител, и проверява дали данните се съхраняват в cdp.structure.
- Подобряване на графиките в гръб на функцията structure.pca потребител. Графиките сега са струпани така, че различните модели на една и съща структура, в една и съща тръба данни са в рамките на една графика набор. Заглавието на графика също е подобрена.
- разширена проверките тестови система на Structure.test_pca да сравняват със стойностите от GROMACS.
- A претеглена средна структура вече могат да бъдат изчислени. Това е за функцията на calc_mean_structure () на релаксират библиотечни модула lib.structure.statistics на. Тежести вече може да бъде предоставена за всяка структура, за да се даде възможност за по-претеглена средна трябва да се изчислява и се върна.
- Добавена е поддръжка за наблюдатели структури в функцията structure.pca потребител. Това позволява подгрупа от структури, използвани в анализа на PC да имат нула тегло, така че тези структури могат да бъдат използвани за целите на сравнението. obs_pipes, obs_models и obs_molecules аргументите на които са добавени към края на предния потребител функция. Гръб използва това, за да се създаде набор от тегла за всяка структура. И функциите на lib.structure.pca използват нулеви тегла за отстраняване на структурите на наблюдател от изчисленията за режим PC.
- Създаден тест система Structure.test_pca_observers. Това е за тестване на нов наблюдател структури концепцията на функцията structure.pca потребител.
- Подобряване на разпечатките от библиотека анализа на отпуснете принцип компонент. Това е функция pca_analysis () на модула за lib.structure.pca.
- грешки и подобрения за графиките, произведени от функцията structure.pca потребител. Различните серии са вече правилно създадени, и сега са етикетирани в парцелите.
- Добавяне на тестване Deploy скрипт, за бързо внедряване на Google Cloud Computing. Това е с намерение за инсталиране в Ubuntu 14.04 LTS.
- Разширяване на сценария за монтаж.
- Поставянето инсталация в функции в Deploy скрипт.
- Разделяне разположи скрипт на няколко малки функции.
- Добавяне на отчети за проверка, за да инсталирате скрипт.
- Когато се снабдяват скриптове, няколко функции могат да се изпълняват вместо.
- Добавени пространства, за да инсталирате скрипт за по-добър печат.
- Добавяне на урок скрипт.
- Добавяне на 2 настойнически скриптове.
- Fix за малък спин ID грешка в урок скрипт.
- Създаден тест система за улавяне на грешки # 24131, отказът на износа BMRB когато обектът SpinContainer не S2 атрибут, както е докладвано от Мартин Ballaschk.
- Модифициран тест система Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition да се провери за RelaxError. Резултатите от тестовете в RelaxError, като файл на резултати не съдържа избрани завъртания.
- Добавен тест система Mf.test_bug_24131_missing_interaction да хване друг проблем. Това е част от бъг # 24131, за износ провала BMRB с предмета на SpinContainer които нямат стойност S2. Въпреки предишната корекция на прескочите маркирани завъртания въведе нов проблем на отпуснете още търси най-interatomic взаимодействията за които отменили избора на центрофугиране.
- Фиксирани бъгове:
- Повтарящи заглавия в HTML версия на ръководството за релакс, а оттам и повторен имена HTML файлове презаписване на предходните раздели, са отстранени.
- Фикс за бъг # 23933, на "NameError: глобалното наименованието" документи за самоличност "не е определено" проблем при зареждане на данни за релаксация. Грешката е въведена още през ноември 2014 г. и се дължи на някаква непълна код обработка на грешки. Проблемът е, че вида на спин, че данните за релаксация принадлежи (@N vs. @H) не е определен. Сега правилното RelaxMultiSpinIDError е повдигнат. Променливата на документи за самоличност не е съществувала -. това е код, който се планира да бъде добавена, но никога не е бил и е забравил
- Fix за CSA константа уравнението в главата на ръководството модел-безплатно. Това е забелязан от Кристина Moller и докладва за да се отпуснат потребители пощенския списък.
- Bug Fix за съхранение на XML структурен обект в държавните и резултати файлове. Преди това всички обекти добавени към cdp.structure (или който и да е структура, обект) няма да бъдат спасени чрез метода на структурната обект to_xml (), освен ако функцията е изрично променен, за да съхраните този обект. Сега всички обекти, присъстващи ще бъдат превърнати в XML.
- Fix за анализ на дисперсия релаксация в графичния интерфейс, като хванат от теста за Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 GUI. При зареждане от състояние файл скрипт, стойността на None може да присъства. Това вече е настроен на стандартните стойности.
- Fix за бягане отпуснете в сървъра, без графичен дисплей и използване matplotlib. Грешката е намерено с тест система Relax_disp.test_repeat_cpmg. И грешката генерирани беше: QXcbConnection: Не може да се свърже за да се покаже. Прекратено (ядро дъмпинг). Гръб на matplotlib трябва да се промени. Това например е описано в: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display и http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
- Изменено поведението на bmrb.write потребителското функция гръб за анализ на модел-свободен (корекция за бъг # 24131). Това е в метода на bmrb_write () на API анализ на модел-свободен. Маркирани завъртания сега се пропускат и проверка е добавено за да бъде сигурен, че спин данни е била сглобена.
- Друго решение за бъг # 24131, отказът на BMRB износ, когато обектът SpinContainer не S2 атрибут. Сега никой данни се съхраняват във файла BMRB ако модел на модел-свободен, не е била създадена за завъртане. Това позволява на тестов пакет, за да мине.
- Bug Fix да позволи на теста за Mf.test_bug_24131_missing_interaction система да премине. Това е част от бъг # 24131, за износ провала BMRB с предмета на SpinContainer които нямат стойност S2. Проблемът беше, когато сглобяване на данните за дифузия тензорни. Функцията spin_loop () е бил наречен, както тензор на дифузия се съобщава за всички остатъци. Затова skip_desel = True е добавен за да съответства на модел-свободната част.
Какво ново във версия 4.0.0:
- Характеристики:
- Окончателният, пълно и правилно прилагане на теорията на рамката за да учи твърди движения на тялото. Това в момента е за анализ на RDC и PCS данни от вътрешно съгласувани системи.
- Промени:
- Заличаване на функцията frame_order.average_position потребител и всички свързани бекенд кода. Този потребител функция позволява на потребителя да определи пет различни вида изместване на средната позиция на движещ домейн: чисто въртене, без превод, около оста на движението в системата; на въртене около оста на движение на системата заедно с превод; чист превод, без ротация; завъртане около центъра на масата на движещи домейн, без превод; ротация около центъра на масата на преместване домейн заедно с превод. Сега последния вариант ще бъде по подразбиране и единственият вариант. Тази опция е еквивалентна на стандартната алгоритъм наслагване (алгоритъма Kabsch) до хипотетична структура на реалната средна позиция. Останалите четири са поради историята на развитието на теорията. Това ограничение на полезността на теорията и ще предизвика объркване само.
- Ликвидиране на поръчка рамка целевата функция код. Това съответства на последната смяна на заличаването на функцията frame_order.average_position потребител. Промените включват премахването на флага за оптимизация превод, тъй като това е сега винаги се извършва, и отстраняването на знамето, което причинява средна точка на въртене домейн ос да съвпада двигателния опорната точка, тъй като те вече са трайно отделени от производството.
- По азбучен ред поръчване на функции в модула за lib.frame_order.pseudo_ellipse.
- Елиминиран всички модели "линия" рамка за поръчки, тъй като те все още не са изпълнени. Това е само интерфейса код -. Гръб не съществува
- Актуализация на изотропно конус CaM сценария тест, за рамка модел за оптимизация. Благодарение на всички промени в анализа на поръчка рамка, старата сценария вече не функционален е.
- Създаден скрипт за модели за изпитване, за гърбицата рамка за намиране на позицията средно домейн. Както въртенето около фиксирана ос е бил елиминиран, преминаването от 1J7P_1st_NH_rot.pdb да 1J7P_1st_NH.pdb трябва да се преобразува в превод и въртене около МС. Този скрипт ще се използва за замяна на въртенето на въртене Euler ъгли с вектора на транслация и МС за редуване на Ойлер ъгли. потребителското функцията structure.superimpose обаче ще трябва да бъде променен, за да се справи както стандартната медицентър наслагването, както и МС наслагване.
- Обновено CaM рамка тест, за модел наслагване скрипт. Функцията structure.superimpose потребител е вече правилно нарича. Изходният файл дневник е добавен към хранилището, тъй като съдържа правилния превод и Ойлер информацията въртене, необходима за моделите от теста.
- Параметър актуализация за изотропно конус CaM сценария тест, за рамка модел за оптимизация. Ойлер ъгли за въртене около двигателния шарнира са заменени от параметрите на МС за редуване на превод векторни и ъглови Ойлер.
- Fix за редица модели на поръчката рамка, които нямат параметри ограничения. Функцията linear_constraint () се връща A, B = [], [] за тези модели, но тези празни numpy масиви причиняват библиотеката minfx да се провали. Тези ценности сега са уловени и алгоритъм на ограничение изключено в () специфичен метод за минимизиране на API.
- Увеличаване на точността на всички данни в CaM рамка тест, за генериране на данни база скрипт. Те всички са били превърнати от float16 да float64 numpy видове.
- Fix за настройката за грешка RDC в CaM рамка тест, за генериране на данни база скрипт. Структурата на rdc_err данни се намира в interatomic контейнерите за данни, без контейнерите за спин.
- изменение на структурата товарене част на CaM рамка поколение данни, за база скрипт за. Структурите сега са заредени само ако флага на DIST_PDB е настроена, тъй като те се използват само за генериране на 3D разпределение на структури. Това спестява много време и паметта на компютъра.
- Огромни ускорим на ПАМ рамка поколение данни от изпитвания, за база скрипт. Чрез използването на многомерни numpy масиви за съхранение на атомните позиции и XH единичен вектор на всички завъртания, и извършване на ротациите на тези структури с помощта numpy.tensordot (), изчисленията сега са фактор от 10 пъти по-бързо. Измерителят на напредък трябва да бъде променен, за да се покаже на всеки 1000, а не 100 повторения. Ротациите на позициите и векторите сега се изпълняват последователно, случайно определяне бъг с моделите на двойни движение (т.е. на "двоен ротор" модел).
- Изменено гърбицата рамка тест, за генериране на данни база сценария за опазване на компютър RAM. Векторът на XH и атомни структури от данни позиция за всички N ротации сега са на numpy.float32 отколкото вида numpy.float64. Основната промяна е да се изчисли средно СРР и средно PCSs отделно, изтриване N-големи структури от данни, след като файлове с данни са написани.
- Пълна редизайн на гърбицата рамка поколение данни, за база сценария за скорост и памет спестявания. Въпреки завъртяната вектор XH връзка и атомен позиция кодът е много бърз, размерът на необходимата памет за съхраняване на тези в контейнерите за спин и interatomic контейнери данни бяха огромни, когато N & GT; 1E6. последващи rdc.back_calc и pcs.back_calc потребителски функции призовава също ще отнеме прекалено дълго време. Затова основната скрипта е с нов дизайн. Методът на _create_distribution () е разделен на четири: _calculate_pcs (), _calculate_rdc (), _create_distribution (), и _pipe_setup (). Методът на _pipe_setup () се нарича първо да се създаде тръба данни с всички необходими данни. Тогава _calculate_rdc () и _calculate_pcs () методи, и най-накрая _create_distribution (), ако знамето на DIST_PDB е настроен. Обажданията към функциите потребителските rdc.back_calc и pcs.back_calc са елиминирани. Вместо на _calculate_rdc () и _calculate_pcs () методи изчисляват самите средно ДРК и PCS като структури numpy масив. Вместо да се съхраняват огромните завъртените вектори и атомните позиции структури от данни, РСЗ и PCSs се сумират. След това те са разделени от self.N в края на средно стойностите. В сравнение със стария код, когато N е настроен на 20 милиона използването на RAM капки от ~ 20 GB до ~ 65 MB. Общото време за пробег също се намалява на една система от няколко дни до няколко часа (заповед или две от величина).
- Променена метър актуализиране на напредъка за CaM рамка тест, за генериране на данни база скрипт. Центрофугата беше твърде бързо, актуализиране на всеки 5 стъпки, а сега се обновява на всеки 250. И общия брой вече е само на хартиен всеки 10,000 стъпки.
- Подобрения на уреда за измерване на напредъка на CaM рамка поколение данни от изпитвания, за база скрипт. Запетаи сега са отпечатани между хилядите и цифрите сега са точно обосновани.
- Голям увеличение на точността на RDC и PCS осредняване на. Това е за CaM рамка поколение данни от изпитвания, за база скрипт. Чрез сумиране на СРР и PCSs в 1D numpy.float128 масиви (за това, се изисква 64-битова система), и след това се дели на N в края, средната стойност може да бъде изчислена с много по-висока точност. Както N става по-голям, цифровата осредняване въвежда по-големи и по-големи количества отрязани артефакти. Така че тази промяна облекчава това.
- Fix за ДРК и PCS средно в CaM рамка тест, за генериране на данни база скрипт. За модел на двойно ротор, или който и да е множествена модел двигателния режим, усредняването е неправилно. Вместо да се раздели с N, стойностите трябва да бъде разделена на N ^ M, където M е броят на двигателни режими.
- огромно увеличаване на точност за данните модел тестови безплатно роторни гърбицата ред рамка. Колкото по-висока точност е защото броят структури в разпределението сега е двадесет милиона, а не един милион, и много по-висока точност numpy.float128 на осредняване на база сценария актуализиран създаване е използван. Тези данни трябва да се даде възможност за много по-добра оценка на стойностите на бета и гама средно домейни параметри позиция за моделите на свободните роторни, които са засегнати от срива на параметъра алфа до нула.
- огромно увеличаване на точност за данните модел тестови двойно роторни гърбицата ред рамка. Колкото по-висока точност е, защото броят структури в разпределението сега е над двадесет милиона (4500 ^ 2), а не на четвърт милион (500 ^ 2). И много по-висока точност numpy.float128 на осредняване на база сценария актуализиран създаване е използван.
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
Т.е.
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 3.3.1:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
Какво ново във версия 3.1.5:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 3.1.3:
Какво ново във версия 3.1.2:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 3.1.1:
- Характеристики:
Какво ново във версия 3.1.0:
- Характеристики:
- & GT;
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 3.0.1:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 2.2.2:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
- Характеристики:
Какво ново във версия 2.1.1:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 2.1.0:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 2.0.0:
- Характеристики:
Какво ново във версия 1.3.15:
- Характеристики:
- Фиксирани бъгове:
Какво ново във версия 1.3.8:
<силни> Изисквания :
- Python
Коментари не е намерена