Pathomx

Pathomx (бивша MetaPath) е с отворен код графичен софтуер изпълнява в IPython, Qt и PyQt, проектирана от самото начало да действа като интерактивна програма за визуализация и анализ на метаболитните данни под GNU / Linux и други POSIX & Nbsp; операционната системи. Първоначално е бил проектиран да се използва за обработка на Метаболомиката data.Features в един glanceKey характеристики включват поддръжка за импортиране и експортиране на NMR (ЯМР) на данни, обработка на спектрите, включително нормализиране, биниране и привеждане в съответствие, както и метаболитен път визуализация и минното дело. Вие също така ще бъде в състояние да внесат геномни и Метаболомиката данни чрез различни начини за визуализация на определени пътища.
Различни MetaCyc анотации на бази данни, също са включени в заявлението Pathomx, сред които можем да споменем база данни за обединение връзки, синоними, както и свързаните с тях пътища и реакции. Моля, имайте предвид, че базата данни MetaCyc произлиза от публично API.
Приложението използва мощната база данни MetaCyc за бързо изследване на сложни набори от данни, благодарение на Extensible и конфигурируеми плъгини. В допълнение, той използва библиотеките Numpy и Scipy за брой работа, Matplotlib за графики, nmrglue за ЯМР данни за внос, d3.js за интерактивни графики и scikit-научите за статистически анализ methods.Under качулката и подкрепена OSesLooking под капака на Pathomx, можем да забележим, че заявката е била построена върху IPython командния. Той също така работи добре под Microsoft Windows и Mac OS X операционни системи, за които е налична за изтегляне, както предварително изграден бинарни пакети. За GNU / Linux, софтуерът се разпространява само като gzipped изходен код, съвместим с 32-битови и 64-битови хардуерни платформи.
При използване Pathomx, потребителите трябва да имат предвид, че прилагането прави използването на данни от пътя самата база данни на MetaCyc, която е част от семейството BioCyc. The API MetaCyc се използва за генериране на приложения база данни, която се съхранява на място

Какво ново в тази версия:.

• Прибавя се изцяло нов плъзгане капка визуален редактор.
• Тя ви позволява да създавате работни потоци за анализ, като плъзнете инструменти в работната площ, редактиране на връзки чрез плъзгане линии на данни между инструменти, както и използването гледка редово да се направи преглед на текущата обработка.
• Данните могат да се спуснат в работното пространство за незабавен внос.
• Той също така добави живо по-инструмент прогресира уведомления, барове и индикатори за състоянието.
• Грешки са маркирани с помощен текст (подсказващи текстове, свързани със средства, когато е посочено червени).

<силни> Изисквания :

• Graphviz