PANAMA

PANAMA е роман вероятностен модел за отчитане на смущаващи фактори в eQTL изследвания, написани на Python.
Скрити смущаващи фактори, като например ненаблюдавани променливи или неизвестен фините смущения на околната среда могат да създават фалшиви фалшиви асоциации или прикриват истинските генетична връзка сигнали. За разлика от предишните методи, Панама научава скрити фактори съвместно с ефекта на видни генетични регулатори. Като резултат, този нов модел може по-точно да се разграничат истинските генетична връзка сигнали от погрешни изводи за промяна.
N. Fusi, O. Stegle и ND Лорънс, "Съвместно моделиране на смущаващи фактори и видни генетични регулатори осигурява по-голяма точност при генетичните изследвания геномика", PLoS Computational Biology 2012 г.
Повече информация на http://ml.sheffield.ac.uk/qtl/panama.html

Requirements:

• Python