NCBI C++ Toolkit

NCBI C ++ Toolkit предлага безплатни и преносими Обществени библиотеки без ограничения използват. Тя работи на Unix, MS Windows и Mac OS платформи:
ย ท Networking и Interprocess Съобщение (IPC) библиотека с IOSTREAM адаптери
ย ท многонишкова библиотека
ย ท CGI и Fast-CGI Library
ย ท HTML Library Generation
ย ท SQL Database Library Access
ย ท C ++ обвивка библиотека за BerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM адаптер / Wrapper Library
ย ท GZIP и BZ2 C ++ обвивка Библиотека с IOSTREAM адаптери
ย ท ASN.1 и XML сериализацията библиотека със C ++ Code Generator Tool (datatool)
ย ท Дата и час Library
ย ท File System Library Function
ย ท Command-Line Аргумент, конфигуриране и Околна среда Обработка Library
ย ท Sequence Alignment Алгоритми Library
ย ท Library BLAST Engine
ย ท биологичното последователности извеждане и обработване Library
ย ท Portable FLTK и OpenGL базирани графични и графични библиотеки
Освен по-горе, има много повече полезни библиотеки, както с общо предназначение и биотехнологии, свързани с това се развиват непрекъснато, поддържани и използвани в производството на реалния живот от стотици Web и самостоятелни приложения и техните програмисти (също се брои в стотици).
Ако сте C ++ програмист ще намерите преносими характер на библиотеките много полезни в изграждането на междуплатформени приложения, дори ако не разполагате с голям интерес в биоинформатика. Библиотеките като тези за CGI / Fast-CGI, HTML, работа в мрежа, SQL база данни за достъп, ASN.1 и XML сериализацията са доста общо предназначение и могат да се използват в различни приложения извън проблем домейн биоинформатика.
В C ++ Toolkit претърпява активно развитие на библиотеките се изгражда всяка вечер. Изходният код е свободно достъпна чрез FTP и CVS. Документацията за Toolkit C ++ е достъпно онлайн във формат NCBI Bookshelf и също като сваляне книга в PDF формат Acrobat е

Какво ново в тази версия:.

• акценти:
• Добавено LDS2 (Local Storage Data v.2), който се основава на SQLite3, има нови функции и по-добра производителност. Също така изпълнява данни товарач LDS2 да използвате LDS2 от управителя на обекта.
• XmlWrapp -това удобно API XML обработка е най-вече завършен (и дори полиран).
• Изпълнено тунелиране и разрешение на HTTP връзки и тунелиране на Secure Sockets, чрез HTTP прокси сървъри.
• CFormatGuess сега позволява разграничаване на GTF, GFF3 и GFF2. Това е възможно да се счупи на климата. За повече подробности виж по-долу.
• Реализирани големи части от CFeatTree, класа да организира функции, определени по биологичен последователност в йерархия, която отразява връзката родител-дете техните взаимоотношения (въз основа на игрални подтипове).
• CORELIB:
• Изпълнено локал-независима преобразуване на низ да се удвои и обратно; променените основни библиотеки, за да го използват.
• NStr :: Justify () - за форматиране на параграфи от текста
.
• CNcbiApplication - направи FindProgramExecutablePath статично, и по-стабилна; добави статичен метод GetAppName по-високо ниво. Виж за глобалните конфигурационни файлове в повече случаи.
• CMetaRegistry :: FindRegistry -. Нов метод излагане логиката определяне кой файл (ако има такива), за да заредите
• CEnvironmentCleaner -. Нов клас да отхвърлите нежелана системни променливи
• CFileIO - обратно към първоначалното поведение:. Не затваряйте дръжката на файла, ако е назначен направо SetFileHandle ()
• SERIAL:
• сериализацията на обекти AnyContent данни - фиксирана за разпознаване и правилно процес атрибути в техните стойности
.
• поправен четенето на XML данни, които да зададете на стойност един елемент по подразбиране, когато го няма съдържание.
• Добавена е поддръжка за последователности от елементи, в които елементът има стойност по подразбиране.
• DATATOOL:
• поправен генериране на код на:
• предмети ИЗБОР данни;
• двоични типове данни с атрибути.
• поправен преобразуване на стойностите на двойни тип да се запази по-значещи цифри.
• CONNECT:
• Добавена KeepAlive гнездо опция (fSOCK_KeepAlive).
• Добавено NCBI тест свързаност (CConnTest).
• UTILITES:
• g_FindDataFile -. Нова функция за намиране на файлове с данни в (конфигурируеми) стандартни места
• CChecksumStreamWriter -. Нов клас да се изчисли контролната сума на данните записани в този поток
• g_GZip_ScanForChunks () - ново API, за да задава въпроси компресирани стрийм позиции. Добавен изпълнение за получаване на позиции за отделни GZIP-файлове вътре свръхдълги GZIP файл.
• Добавена компресиране / декомпресиране стрийм манипулатори (включват / Util / компрес / stream_util.hpp).
• CFormatGuess (Util / format_guess. {H / C} п.п.) актуализиран, с евентуално счупване на климата. Целта на това е да се позволи CFormatGuess да се прави разлика между GTF, GFF3 и GFF2. В момента смесва всички тези формати в една стойност "eGtf". Стойността на стария "eGtf" (3) се заменя с "eGtf_POISONED", и няма да се върна отново. Новата стойност за "eGtf" (21) ще означава файл, който трябва да се чете с CGtfReader (objtools / читатели / gtf_reader.hpp). Новата стойност "eGff3" (22) е за файлове, предназначени да се чете със CGff3Reader (objtools / читатели / gff3_reader.hpp), и "eGff2" (24) е за файлове означава да се чете със CGff2Reader (включва / objtools / читатели /gff2_reader.hpp)
• Био-ОБЕКТИ:
• CBioseq :: GetNonLocalId - Нов метод за подпомагане на място последователности, внесени от FASTA файлове със спецификации обсег в повече контекст; обвит от CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (също нов).
• CSeq_id :: IdentifyAccession - Прилагане или подобри признаването за повече представки (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, ИААА-EZZZ, и IAA-IZZ, някои от които съответстват на новата възможност за DDBJ TPA данни WGS) и смесени-в TPA протеинови присъединявания (предимно от EMBL, но някои от GenBank също).
• Разграничаване WGS майсторски присъединявания с ново знаме малко. Отпуснете се над-строг PDB логика признаване.
• CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs -. Нова функционалност за работа с идентификатори обикновен текст на последователност, като коефициент от CFastaReader и генерализирани донякъде
• SSeqIdRange - Нов тип (пълна с анализатор и на най-лети & quot; итератор & quot;) за работа с Послед-ID диапазони, като присъства в някои източници FASTA defline модификатори
.
• Био-TOOLS:
• CFastaOstream - избор приемам потребителски заглавия за единични последователности. Tag отрицателно верижни диапазони с водещи C по-те години.

.
• CFastaReader - Помогнете отрицателно верижни диапазони и компактен defline стил празнина синтаксис пайета е (?? & Quot; & GT; N & quot; където N е число; или & quot; & GT; unk100 & quot;)
• COBALT:
• Добавена от команден ред опцията -num_domain_hits, който ограничава броя на консервативни области на последователност, използвани при изчисляването ограничения спрямо дължината му.
• филогенният дървета:
• висока добавена интерфейс ниво за изчисляване на филогенетичното дърво от последователни подреждания (например възпламеняващ и резултати КОБАЛТ). Class CPhyTreeCalc изчислява филогенетичното дърво, и CPhyTreeFormater отпечатва дървото в Newick и Nexus формат.
• БИО предмети БИБЛИОТЕКИ:
• Реализирани CheckNumRows () и други методи за разредени подреждания.
• За да се намали натоварването върху паметта: добави четат кукички за намаляване на паметта, използвана от подреждания след deserialization; Na-направление сега използва един байт от паметта, където е възможно; Score.value избор сега е вградена в CScore.
• Капитализиране присъединяване в CSeq_id :: GetLabel ().
• BIO-Управление на обекти:
• Добавени методи газопоглъщащите за булеви полета в CTableFieldHandle.
• Добавено GetBestGeneForFeat (), базирани на CFeatTree.
• Изпълнено GetBestOverlappingFeat () на CFeatTree.
• Добавена бързо CScope :: GetTaxid ().
• Изпълнено насипно товарене за ACC / Ver, GI, етикет, и taxid.
• Добавени пропуски нулева дължина проверяват CSeqMap и CSeqVector.
• Изпълнено GetLength () и GetCoverage () за местата на облигации.
• Подобрения:
• Добавена метод помощник за запълване CFeatTree на място.
• ускори картографиране на прости места CSeq_loc_mix в CFeat_CI.
• По-строго сортиране на функции в CFeat_CI да се избегнат неясноти.
• CSeq_feat_Handle привличат сега работят с Послед-маса разполага също.
• функции Послед маси вече поддържат полета потребителя на няколко нива.
• Non Послед-Feat сл маси са вече признати дори и ако се намира в Сплит парче.
• ускори CBioseq_Handle :: AddId ().
• Оптимизиран CScope :: AttachXxx ().
• Поддръжка разделяне на име анотация.
• CSeqVector и CanGetRange CSeqVector_CI е () сега връщане фалшиви вместо да хвърли изключение.
• Оставя се да определите как да се справят със съществуващите дръжки в ResetHistory ().
• Оптимизиран повторно родителство, ако повече функции са добавени към CFeatTree.
• Добавена възможност за коригиране на грешки CScope създаване / изтриване.
• Много промени в C ++ почистване функционалност да имитира функциите на почистване, което вече съществува в C. Все още има още много работа да се свърши с BasicCleanup, но е постигнат значителен напредък. Little работа е свършена за ExtendedCleanup като на все още.
• CSeq_loc_Mapper вече може да се инициализира с GC-събрание.
• Корекции на грешки:
• Фиксирана картографиране на места микс на минус направление в CFeat_CI.
• Много грешки в начина CFeatTree свързва функции.
• Няколко поправки резба-безопасност.
• Фиксирана правописна грешка предотвратяване добавяне подравнява и графики да CSeq_annot_EditHandle.
• предпазна мярка срещу изключения при сортиране функции в CFeat_CI.
• GENBANK DATA зареждане:
• Registered HPRD външни анотации.
• Добавена опция exclude_wgs_master Парам в pubseqos / pubseqos2 читатели.
• Изпълнено насипно товарене за ACC / Ver, GI, етикет, и taxid.
• Добавено CGBDataLoader :: CloseCache ().
• Подобряване:
• Използване насипни заявки за товарене в CScope :: GetBioseqHandles ().
• отделна статистика, четящ от типа на натоварените петна.
• Добавена клеймото да GenBank дебъг съобщения.
• Използване IConnValidator за отваряне PubSeqOS връзки.
• Добавена раздвоен версия на исканията късовете и късовете на подключове в GenBank кеш, за да се избегне използването на неправилни парчета, когато петно ​​сплит състояние се променя в ID.
• Добавени вторични малко объркващи имена Параметър за отворена таймаут.
• Не се размножават опитайте брой от броя на връзки.
• Управление на обекти ИЗПИТВАНЕ И демонстрационни приложения:
• id2_fetch_simple -. Добави -id възможности за произволни сл-ID на
• test_bulkinfo -. Ново заявление тест
• FASTA:
• C ++ функция маса функционалност е постигнат по-функционален, като за част от проекта за BankIt.
• asn2flat полезност
• огромен брой промени в flatfile форматиране да го донесе много по-близо, за да освободите-готови състояние (вероятно освободи готова на този етап, въпреки че някои сравнително маловажни въпроси остават).
• XMLWRAPP:
• Фиксирана сегментация повреда в случай на вземане на позоваване на XPath израз течаща резултати.
• Добавена помощници да получите обществена ID, система за ID и име DTD за външни и вътрешни подгрупи.
• Добавени методи за търсене атрибути възел.
• Фиксирана изпълнение на XPath израз:. Сега започва от даден възел
• Фиксирана търсите атрибути (включително по подразбиране), когато е осигурено пространство от имена.
• Въведена е възможността да тече XPath израз, без необходимост да се регистрирате именни пространства изрично.
• Въведена е възможността за предоставяне на контейнери за събиране на грешки и предупреждения при анализирането на документи.
• Въведена е възможността да променя ценности и именни пространства на атрибути възела по подразбиране е.
• Въведена е възможността да тестват ако атрибут е по подразбиране.
• Въведена е възможността да поставите или извадите атрибути, като се вземат предвид техните именни пространства.
• Въведена е възможността да се съблича XML декларация, когато един документ е спасен.
• WindowMasker:
• добавено ново входен формат, & quot; seqids & quot ;; с този вход формат, входът е файл, съдържащ ID последователност на всеки ред, и алгоритъмът използва управителя на Bio-Object да се запознаете с последователности.
• добавя нов клас CWinMaskConfig, за съхраняване на всички конфигурационни параметри WindowMasker. Класът може да се използва за добавяне на необходимите аргументи от командния ред да CArgDescriptions, и след това да получите конфигурационните параметри от аргументите на командния ред.
• BUILD рамка (UNIX):
• Тълкувайте командния ред спецификации на APP_PROJ или LIB_PROJ като бияч за изчистване на други * настройки _PROJ не са предвидени също има. (Изисква GNU Направи;. Надгражда с Sun правят продължи да работи както преди)
• Supply повече цели в поддиректории:. * _f (Използвайки местни плоски Makefile-ове, произведени по поръчка, като се игнорира зависимост от други части на дървото), * _fd (опаковка на най-високо ниво Makefile.flat), clean_sources и purge_sources
• Конфигуриране и нейното удобство скриптове (компилатори / Unix / * ш.):
• Интересно ново знаме --without-3psw -., За да не се използва с всяка трета страна софтуер
• Добавена чек за GLEW.
• подобряването на проверките за Boost и OpenGL.
• Поддръжка уточнява тичам пътеки на Дарвин (Mac) системи с модерни toolchains.
• BLAST:
• На Дарвин (Mac OS X), изграждане само за Intel процесори, дори в друго универсално изгражда поради ограничение на PowerPC toolchain.
• Добавена е поддръжка за извличане NCBI таксономия IDs, за които подкрепата WindowMasker е достъпно.
• Разрешаване на спецификацията на въпросната последователност заедно с множествена подреждането на файлове в psiblast.
• Добавена база данни на твърдия маскиращи подкрепа.
• Добавена база данни мека маскиращи за преведени обяви.
• Добавена е поддръжка за btop (BLAST traceback операции) и заявка и продължителност на отпуска в табличен доклад.
• приложения от командния ред - позволи psiblast да търсите множество заявки, добави опция -input_type за makeblastdb
• позволи използването на най-добрата хит и XML в режим blast2sequences.
• Подобряване на форматиране производителност за дистанционни обиски.
• makembindex вече могат да изградят маскирания индекс MegaBLAST директно от BLAST нуклеотидните бази данни с помощта на самозалепваща информацията, съхранявана в базата данни на взрива. Това се осъществява чрез новата опция на командния ред -db_mask да makembindex. Опцията приема число ID на алгоритъм за филтриране поддържа от базата данни на взрива. Опцията може да се прилага само в комбинация с -iformat blastdb.
• За подпомагане на потребителя в намирането на числовите идентификатори на алгоритми за филтриране, подкрепени от база данни BLAST, се въвеждат -show_filters знамето. Прилагането на флага с -iformat blastdb и BLAST база данни като вход предизвиква makembindex да извежда списък с наличните алгоритми за филтриране и излизане.
• Приложения NETCACHE:
• NetCache са преработени, за да включва следните данни:
• по-добро управление на дисково пространство;
• заключване-малко работа с петна, на версии се използва вместо;
• мулти-порт за слушане и настройки на клиент диференциране.
• NetCache и ICache APIs:
• Използване Uint8 навсякъде размер петно.
• Позволи частично петно ​​извличане.
• въвели защита петно ​​парола; празни пароли се третират като няма парола.
• Работно APIs възел:
• New параметър за прекратяване на възел работник, ако неговата консумация на памет надхвърли определената граница (параметър & quot; total_memory_limit & quot;)
.
• New параметър за прекратяване на възел работник, ако неговото време на изпълнение надхвърли определената граница (параметър & quot; total_time_limit & quot;)
.
• Грид приложения:
• netscheduled
• Фиксирана бъг, който не предизвиква отговор на командата опашка изтриване.
• remote_app
• New конфигурационен параметър (& quot; tmp_dir & quot;). За да контролирате начина, временно се генерира име директория - да се намали дължината му
• Дневник петно ​​грешка писмена форма.
• netcache_control
• Позволи частично петно ​​извличане.
• New команда -Премахване да изтриете петна от личните им карти.
• New параметър -auth да уточни низ удостоверяване, за да използвате.
• Нови команди -reconf и -reinit за ползване от NetCache администратори.
• netschedule_control
• Enabled режим на съвместимост, за да netschedule_control работа с по-големи възли работник.
• cgi2rcgi.cgi
• Не се създава празен NetCache петно ​​като указател за посланието на напредък.
• Log Grid грешки, които са докладвани на потребителя.
• Позволи пространства в параметъра ID работа.
• Поддръжка изход от информацията за състоянието на задачата в JSON формат.
• Позволи потребителски HTML шаблони, за да бъдат определени за GRID грешки и други събития.
• Няма добавени кешовете HTTP хедъри да избегне кеширане на междинните резултати.
• ncfetch.cgi
• New параметър за достъп до защитени с парола петна.
• Тълкувайте допълнително параметър & quot; име на файл & quot; като име на файл за изтегления файл.

Какво ново във версия 31 декември 2008:

• Тази версия добавя метод за изчисляване колона-специфична pseudocounts в PSI-взрива.
• Тя refactors библиотеката на мрежовите услуги.
• Тя добавя единица тест рамка и сеч грешка за всички класове File API.
• Той определя pthread подкрепа на IRIX. Той подобрява подкрепа на XML сериализацията.
• Той определя подкрепа за Sybase.
• Той добавя поддръжка за малки таблици за търсене за малки запитвания.
• Той добавя API за извличане GenBank статистика товарач.
• Тя е асорти други подобрения, speedups и поправки на грешки.