Malign

Множество процедури за привеждане в съответствие, изпълнявани в злокачествени са близки паралели с тези, използвани за търсене на cladograms минимална дължина. Логика и програмни команди ще бъдат ясни за тези, запознати с програми като Hennig86 Нона и PAUP. Alignment топологии са конструирани чрез различни последователности и подобрени чрез клон на дискове. Всеки подравняване топология получава подравняване на многократни и cladograms са изградени от които подравняване. Цената на най-пестелив cladogram след това се определя като множествена разходите за подравняване.