Jmol

• Поправяне на грешки: Jmol SMILES не позволява търсене за код за вмъкване - ^ & quot; за вмъкване код: [G # 129 ^ A. *]

Какво ново във версия:

- добавя "^" за вмъкване код: [G # 129 ^ A. *]

Какво е новото във версия 14.20.3:

търсене с код - добавя "^" за вмъкване код: [G # 129 ^ A. *]

Какво е новото във версия 14.6.5:

• Отстраняване на грешки: Jmol SMILES не позволява търсене за код за вмъкване - добавя "^" за вмъкване код: [G # 129 ^ A. *]

Какво е новото във версия 14.6.1:

търсене с код - добавя "^" за вмъкване код: [G # 129 ^ A. *]

Какво е новото във версия 14.4.4 Build 2016.04.22:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.4 Build 2016.04.14:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.4 Build 2016.03.31:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.3 Build 2016.03.02:

• корекция на грешки: атомните анотации не са коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.3 Build 2016.02.28:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.2 Build 2016.02.05:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.4.0 Build 2015.12.02:

• не коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.2.15:

• Отстраняване на грешки: настройките на атомните анотации не са коригирани за добавени водороди
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.2.13:

• водородни атома
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.2.12:

• водородни атома
• Отстраняване на грешки: 14.3.3_2014.08.02 счупи mmCIF четеца
• поправка на програмни грешки: BinaryDocument (файл на Спартан), прочетена в 14.1.12_2014.03.18

Какво е новото във версия 14.1.8 Бета:

• нова функция - комплект карикатураRibose:
• рисува пръстени на риби с флейти, показващи набраздяване
• се свързва изрично с C4'-C5'-O5'-P
• показва C3'-O3 "за справка.
• деактивира cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
• е деактивиран от SET cartoonBaseEdges ON
• , предложено от Рик Спини, Охайо.
• нова функция: рамката за анимации [a, b, c, d] работи с отрицателни числа, за да посочи диапазони:
• рамка за анимиране [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
• да се чете като "от 1 до 5 и след това от 10 до 6"
• нова функция: Tinker файлов четец (и обновяване на FoldingXYZ четец):
• Може да използва Tinker ::, но това се изисква само ако първият ред е JUST атомCount
• побира по-стар формат Tinker с n-1 атоми за atomCount
• позволява траектории и желания номер на модела
• Нова функция: (всъщност 13,1 но не документирана) анимационна рамка [51 50 49 48 47 46 45 (и т.н.) 27 1 2 3 4 5 6 7 (и т.н.)]
• нова функция: x = сравняване ({atomset1}, {atomset2}, "MAP")
• нова функция: x = сравнете {{atomset1}, {atomset2}, "MAP", "all")
• нова функция: x = сравни {{atomset1}, {atomset2}, "MAP", "най-добър")
• нова функция: x = сравни {{atomset1}, {atomset2}, "MAP", "H")
• нова функция: x = сравни {{atomset1}, {atomset2}, "MAP", "allH")
• нова функция - x = сравнете ({atomset1}, {atomset2}, "MAP", "bestH"
• генерира един или повече списъци за корелация въз основа на неароматични SMILES
• по желание включва Н атоми
• по избор генерира всички възможни картографиране на атоми
• връща int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]
• където an и bn са цели числови атомни индекси или списък, когато "all" опцията е избрана.
• следното ще генерира една атомна корелационна карта за две структури, включително водородни атоми: зареждащи файлове "a.mol" & Quot; b.mol & quot; х = сравняване ({1.1} {2.1} "MAP" "Н")
• Следното сравнява модела на кофеин от NCI с този от PubChem:
• Заредете $ кофеин, заредете добавете: кофеин, кадър *
• изберете 2.1; етикет% [atomIndex]
• сравнете {1.1} {2.1} SMILES завъртете превеждайте
• x = сравнете ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
• за (a в x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; изберете atomindex = a1; label @ a2}
• нова функция: сравнете {model1} {model2} SMILES:
• няма нужда да давате SMILES; Jmol може да го генерира от {model1}
• нова функция: x = {*} намерете ("SMILES", "H"):
• генерира SMILES с изрични H атоми
• настройка на грешки: функция на подструктурата (), използваща SMILES вместо SMARTS, така че само пълните структури
• Отстраняване на грешки: по-добро захващане на грешки и съобщения в методите, свързани със SMILES
• Отстраняване на грешки: направи откриването на пътуването на webexport към Jmol.jar и jsmol.zip по-стабилни.
• корекция на грешки: getProperty extractModel не почита подмножество
• корекция на грешки: задайте pdbGetHeader TRUE не заснема REMARK3 REMARK290 REMARK350
• корекция на грешки: getProperty ("JSON", ....) трябва да обвива стойността в {value: ...}
• корекция на грешки: MO устойчива транслитеминация, нарушена в 11.x
• отстраняване на грешки: показване на менюто за записване на менюто за зареждане МЕНЮ на всички разбити в 12.2
• корекция на грешки: {*} [n] трябва да е празна, ако nAtoms

Какво е новото във версия 14.0.7:

единична клетка и ехоизображение, getProperty

Какво е новото във версия 14.0.5:

• Поправяне на бъгове: Нарушена трансцендентност на LCAOC
• Отстраняване на грешки: счупване на полупрозрачната гръбнака
• Поправяне на грешки: pqr, p2n читатели са счупени
• Отстраняване на грешки: isosurface map property xxx може да се провали, ако повърхността е фрагмент, който (по някакъв начин) има точка, която не е свързана с атом.

Какво е новото във версия 14.1.5 Beta:

• корекция на грешки: >
• Отстраняване на грешки: счупване на полупрозрачната гръбнака
• поправка на програмни грешки: pqr, p2n читатели са счупени
• Определяне на грешки: isosurface карта property xxx може да се провали, ако повърхността е фрагмент, който (по някакъв начин) има точка, несвързана с атом, който е в основата й.

Какво е новото във версия 14.0.4:

Какво е новото във версия 14.0.2:

• Отстраняване на грешки: модулацията не прави разлика между q и t;
• настройка на грешки: модулираните измервания не работят
• поправяне на грешки: не прескачане на настройка defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• корекция на грешки: isosurface карта атомната орбитална грешка
• корекция на грешки: вибрационното показване на модулация с разстояния не се актуализира
• Отстраняване на грешки: изключването на вибрации води до ненужно предупреждение в конзолата
• отстраняване на грешки: издърпайте симпата счупен
• корекция на грешки: array.mul (matrix3f) катастрофира Jmol
• Отстраняване на грешки: изберете symop = 1555 счупен
• поправка на бъгове: настройката за избиране dragSelected не работи
• код: refactored CifReader, разделяне на MMCifReader и MSCifReader код: незначително преименуване / refactoring на методите в SV
• код: добавя javajs.api.JSONEкодиращ интерфейс
• изключително просто внедряване в org.jmol.script.SV
• позволява реализациите на javajs да доставят персонализирани резултати JSON

Какво е новото във версия 14.1.2 Бета:

• нова функция: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (аплет, израз):
• по-добре от Jmol.evaluate, защото резултатът е променлива на JavaScript, а не низ
• ЗАБРАНЯВАНЕ JSmol api Jmol.evaluate (аплет, израз)
• нова функция: getProperty ("JSON", ....):
• връща JSON кода за собственост
• позволява JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray ("variableInfo", "some expression")
• нова функция: getProperty variableInfo:
• позволява извличане на променливи в Java или JSON формат
• оценява израз
• по подразбиране е "all"
• нова функция: регулируема модулация с q и t, до d = 3:
• включване / изключване на модулацията (всички атоми)
• модулация {атомен набор} включен / изключен
• модулация int q-offset
• модулация x.x t-offset
• модулация {t1 t2 t3}
• модулация {q1 q2 q3} TRUE
• нова функция: pickedList:
• подреден масив от наскоро избрани атоми
• може да се използва същата като променливата PICKED, но тя се подрежда последователно, не временно
• Щракнете два пъти върху структурата за изчистване на списъка
• @ {pickedList} [0] последно избран атом
• @ {pickedList} [- 1] последно избран атом
• @ {pickedList} [- 1] [0] последните два извлечени атома
• нова функция: array.pop (), array.push () - подобна на JavaScript
• нова функция: модулационна скала x.x
• нова функция: надпис "xxxxx" x.x - брой секунди за изпълнение
• нова функция: модулация 0.2 // задава t-стойност
• нова функция: array.pop (), array.push (x)
• a = []; a.push ("тестване"); print a.pop ()
• нова функция: изберете Атом-набор за включване / изключване:
• включва или изключва халосът за избор, както и изборът
• само удобство
• нова функция: pt1.mul3 (pt2):
• връща {pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}
• ако и двете не са точки, се връща към просто умножение
• нов ретур: array.mul3 (pt2) - прилага mul3 към всички елементи на масива
• нова функция: {atomset} .модулация (тип, t):
• доставя P3 (модулация на изместване)
• изпълнява само за тип = "D" (По желание)
• по желание t е по подразбиране
• корекция на грешки: модулация, която не прави разлика между q и t;
• настройка на грешки: модулираните измервания не работят
• поправяне на грешки: не прескачане на настройка defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
• настройка на грешки: isosurface карта атомна орбитална неуспех
• Отстраняване на грешки: вибрационното показване на модулация с разстояния не се актуализира
• Отстраняване на грешки: изключването на вибрации води до ненужно предупреждение в конзолата
• отстраняване на грешки: издърпайте симпата счупен
• корекция на грешки: array.mul (matrix3f) катастрофира Jmol
• поправка на бъгове: изберете symop = 1555 поправена грешка при отстраняване на бъгове: set picking dragSelected не работи
• код: refactored CifReader, разделяне на MMCifReader и MSCifReader
• код: незначително преименуване / refactoring на методите в SV
• код: добави javajs.api.JSONEncodable интерфейс:
• изключително просто внедряване в org.jmol.script.SV
• позволява реализациите на javajs да доставят персонализирани резултати JSON

Какво е новото във версия 14.0.1:

• нова функция: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (по подразбиране 55)
• нова функция: load () функция, както при натоварване на печат ("xxx"), ограничено локално четене на файл в аплета:
• няма файлове с корен-директории
• няма файлове без разширение
• няма файлове с "/.& quot; в пътя
• нова функция: JAR файловете са сигурно подписани
• нова функция: JAR файловете на аплетите включват JNLPs (Java Network Launch Protocols) за локално зареждане на файлове
• нова функция: JSmol опции за URL адрес _USE = _JAR = _J2S = преименува за информационни данни
• нова функция: (е налице, но не е документирано) print quaternion ([масив от кватерниони]) - връща сферичната стойност на la Buss и Fillmore
• нова функция: print quaternion (масив от quaternions), true):
• връща стандартното отклонение за сферичната средна стойност a la Buss и Fillmore
• единиците са ъглови градуси
• нова функция - имената на кватернийните модулни стойности:
• печат кватернион (1,0,0,0)% "матрица"
• опциите включват w x y z нормален eulerzxz eulerzyz вектор theta axisx axisy axisz матрица на ос
• нова функция - задайте celShadingPower:
• определя силата на затъмняване
• цели стойности
• по подразбиране 10 е дебела линия
• 5 е фина линия
• 0 изключва затъмнението
• отрицателната стойност премахва вътрешното засенчване - само очертание
• работи на пиксел въз основа на нормален източник на светлина (мощност & gt; 0) или потребител (мощност & lt; 0)
• настройва цвета на контраста на фона (черно или бяло), когато normal_z < 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
• нова функция: съобщенията за четене mmCIF _citation.title в скриптовата конзола Jmol
• нова функция: минимизирайте SELECT {atomset} САМО - САМО опцията изключва всички други атоми
• нова функция: минимизирайте {atomsets} - косвено SELECT и САМО
• нова функция - & quot; разширения & quot; директории в JSmol за предоставени скриптове JS и SPT:
• jsmol / JS / вътр
• jsmol / SPT / вътр
• нова функция: зареждане ... филтър "ADDHYDROGENS" - локално настроено pdbAddHydrogens само за една натоварваща команда
• нова функция: сравнете {1.1} {2.1} BONDS SMILES
• нова функция: list = compare {{atomset1} {atomsets}} "SMILES" "BONDS")
• нова функция: напишете JSON xxx.json
• нова функция: [# 210] JSON {"mol": ...} четец
• функция - задаване на частициRadius:
• глобален радиус за атомите над максималната стойност на радиуса (16.0)
• по подразбиране до 20.0
• нова функция - CIF и PDB филтри "BYCHAIN" и "BYSYMOP" за вирусни частици:
• създава само един атом на верига или симмоп
• Размерът може да бъде мащабиран с максимум от 16 Angstroms, като например:
• задайте частициRadius 30;
• spacefill 30; // всеки номер над 16 тук използва частициRadius вместо това
• нова функция: list = compare ({atomsets1} {atomsets2} SmartsString "BONDS")
• нова функция: symop () позволява симетрия от биомолекулен филтър за PDB и mmCIF
• нова функция - isosurface SYMMETRY:
• прилага операторите на симетрия към isosurface
• по-ефективно изобразяване и създаване
• по подразбиране е само {symop = 1}
• оцветяването по подразбиране е за оцветяване по symop въз основа на propertyColorScheme
• например:
• заредете 1р филтър "биомолекула 1"
• Символът на цвета
• isosurface sa резолюция 0.8 симетрия sasurface 0
• нова функция - ново атомно свойство: chainNo:
• последователно от 1 за всеки модел;
• chainNo == 0 означава "без верига" или верига = ""
• нова функция - нов propertyColorScheme "приятелски":
• Цветова схема с цветна слепота
• използва се в RCSD
• нова функция: JSpecView напълно безплатно за Java; включва 2D ЯМР и PDF печат на спектрите
• нова функция - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; качество & gt; 1 заявки за пейзажен режим:
• използва ефективни персонализирани класове за създаване на PDF
• размерите на изображението да се поберат, ако са твърде големи
• нова функция: JSpecView добавя PDF и 2D NMR за JavaScript
• нова функция: зареждане "== xxx" Филтърът "NOIDEAL" - Натоварване на химически компонент от ППБ, използвайки "неизолиран" комплект координати
• отстраняване на грешки: запишете компактдиск; ChemDoodle е променила форматите; използвайте JSON вместо това
• корекция на грешки: PDB и CIF файловете означават съвкупности като PUU като голям отрицателен номер
• корекция на грешки: СРАВНЕНИЕ без завъртане започва безкраен цикъл
• Отстраняване на грешки: проблем със закъснение със закъснение (-1)
• Коригиране на грешки: Обръщане на мишката за Chrome в JavaScript
• корекция на програмите за отстраняване на бъгове: изскачащото меню на JavaScript определя езиковите промени
• поправка на програмни грешки: компонентите на ядрото на JavaScript не се обработват; Jmol._debugCode не е разпознат
• корекция на грешки: неправилно отместване на единична клетка за биомолекули; неправилен произход за оси.
• Отстраняване на грешки: isosurface / mo FRONTONLY broken
• корекция на грешки: локализиране на езика, нарушена в JavaScript
• Отстраняване на грешки: четец на ADF не чете MO изход от DIRAC Build 201304052106
• Поправяне на грешки: Safari съобщава за жълта информация за Jmol вместо да иска да приеме аплет
• - трябва да бъде
• корекция на грешки: CIF четецът не обработва правилно _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
• - неправилен атом, зададен за зареждане = 3fsx.cif филтър "ASSEMBLY 1"
• Коригиране на грешки: [# 558 Съвместимост с ChemDoodle] JSmol грешка при дефинирането на Number.toString ()
• корекция на грешки: колелото на мишката не работи правилно
• корекция на грешки: Грешка в компилатора на JavaScript J2S не принуждава int + = float до цяло число
• поправка на програмни грешки: JavaScript WEBGL е разбита
• Отстраняване на грешки: JavaScriptCASCRCalculation на JavaScript няма достъп до ресурси
• Отстраняване на грешки: JavaScript стерео не е внедрен
• поправяне на грешки: поправка на MOL за четец за няколко файла (само 13.3.9_dev)
• корекция на грешки: Грешка в четеца на MOL с товар APPEND - не продължава атомните числа
• Отстраняване на грешки: CIF модулаторът четец не чете линейни комбинации от вектори на клетка вълна
• Отстраняване на грешки: CIF отчитане с филтър "BIOMOLECULE 1" ако само идентификационната операция
не успее
• Отстраняване на грешки: MMCIF четецът не чете всички опции _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
• корекция на грешки: PDB CRYST запис 1.0 1.0 1.0 90 90 90 трябва да означава "без единична клетка" независимо от биомолекулния филтър
• Отстраняване на грешки: изолиращата плоча не се адаптира добре за плоски молекули като HEM
• настройка на грешки: print userfunc () може да не успее (userfunc () само по себе си е добре)
• Отстраняване на грешки: в рамките на (спирала) не е изпълнено за C-алфа-само полимери
• корекция на грешки: _modelTitle не се актуализира при зареждане или включване на нов файл
• корекция на грешки: {*}. symop.all не предоставя оператор за симетрия по подходящ начин
• корекция на грешки: за тройна връзка в SMILES в URL адресите
• Отстраняване на грешки: build.xml липсващи класове за създаване на PDF
• Отстраняване на грешки: след актуализация на Java, добавяне на подходяща проверка на пътя за локално подписания аплет
• корекция на грешки: {xxx} .property_xx не е запазена в състояние (неработеща 8/7/2013 rev 18518)
• Коригиране на програмни грешки: Промените се актуализират за JAR файлове с аплет за подпис и неподписани
• Отстраняване на грешки: записът не е успешен
• Отстраняване на грешки: счупен метод на applet scriptWait ()
• Поправяне на грешки: сесията на PyMOL може да покаже единична клетка след четене от запазено състояние
• Отстраняване на грешки: Мултимедийният четец на MMCIF не успее за няколко типа събрания
• корекция на грешки: CIF четец "биомолекула 1" превод на "молекулярен" а не "монтаж"
• Отстраняване на грешки: Заредете траекторията, при която не работят няколко файла
• Отстраняване на грешки: Изскачащото меню на аплета на JS не се затваря правилно при промяна на езика
• корекция на грешки: идентификационният атрибут на квадратчето за проверка на HTML не е присвоен
• код: refactoring на аплет / appletjs код; org.jmol.util.GenericApplet
• код: refactoring, опростяване на буферирани четци и буферирани входни потоци.
• код: JavaScript refactoring, по-добро изграждане _... xml
• код: JavaScript цяло число, дълъг, къс, байт, плаващ, двойно всички преработени
• код: разграничаване на GT.
• код: Отразени всички ненужно вътрешни класове до най-високо ниво
• код: изолиран util / ModulationSet с помощта на api / JmolModulationSet
• код - Цялата локализация на аплета се чете от обикновени файлове .po:
• като за JavaScript вече
• няма нужда да се съставя клас файлове за езици на аплети
• няма език .jar файлове
• новата директория jsmol / idioma съдържа .po файлове както за Java, така и за HTML5
• код: по-бързо изобразяване на изображението при добавяне на имплицитни "фронтони" като изберете {xxx} ONLY
• код: по-бързо озвучаване с имплицитно "isosurfacepropertySmoothing FALSE" в съответни (цели) случаи
• код: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - консолидира всички препратки към URL.getContent () и Class.getResource ()
• код: JavaScript работи около вътрешния проблем с промяната на името на променливата
• code: work-around for eval (functionName) не работи в JavaScript.
• код: експериментиране с околна оклузия
• код: Задължителни манифести, добавени за Java Ju51 (януари 2014 г.).
• код: JmolOutputChannel се премести в javajs.util.OutputChannel
• код: jsmol.php фиксиран, за да позволи " в метода saveFile
• код: refactoring Parser в javajs.util
• код: DSSP се премества в org.jmol.dssx, намалява биологичното натоварване на JSmol с 20K
• код: Пакетът iText е изхвърлен, вече не е наред, тъй като написах собствен PDF създател

Изисквания :