edittag

edittag е колекция заявление за проектиране комплекта редактиране метрични тагове последователност, проверка на последователността тагове за потвърждение на редактиране метриката, и интегриране на последователност тагове към специфични за дадена платформа секвениране адаптори и PCR праймери. edittag се различава от други подходи:
& Nbsp; * edittag генерира произволни дължини на редактиране-метрични тагове последователността, в разумни срокове, използващи многопроцесорна
& Nbsp; * edittag произвежда редактиране метрични маркирана секвенция комплекти отговарят на разстоянието променяте избрани
& Nbsp; * edittag използва Primer3 да интегрират последователност тагове към PCR праймери
Ние предлагаме няколко големи групи от редактиране метрични тагове последователност проектирани с помощта edittag в следните формати:
& Nbsp; * текст - този файл е в подходящ формат за check_levenshtien_distance.py
& Nbsp; * CSV
& Nbsp; * SQLite база данни
<Силен> Citation
Faircloth BC, Glenn TC. Големи групи от идентификационна поредица редактиране-метричен
етикети за улесняване мащабна мултиплексиране на чете от масова
успоредно секвениране. doi_
<Силен> Монтаж:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
Wget package.tar.gz
катран -xzf package.tar.gz
питон setup.py инсталиране
хранилище
Git клонинг Git: //github.com/baddna/edittag.git edittag
по желание пакет (Ру-Левенщайн)
Wget http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
катран -xzvf питон-Левенщайн-0.10.1.tar.bz2
питон setup.py инсталиране
по избор пакет (Primer3)
Ако искате да се изработи грундове, включващи редактиране метрични тагове последователност, трябва първо да инсталирате модифицирана версия на Primer3:
Git клонинг Git: //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD мод-Primer3 / SRC
правя
правят инсталиране
Уверете се, че сте се движат двоичните файлове от мод-Primer3 до място по пътя си (движат поне Primer3-дълго и primer3_config в същата директория по пътя си). След това можете да стартирате

<силни> Изисквания :

• Python
• NumPy
• Левенщайн
• мод-Primer3