DendroPy

Осигурява класове и функции за работа с филогенетични данни, като например дървета и символни матрици.
Той също така поддържа четене и писане на данни в диапазон от стандартни филогенетични формати за данни, като например NEXUS, NeXML, Phylip, NEWICK, FASTA и т.н ..
В допълнение, скриптове за извършване на някои полезни филогенетични изчисления се разпространяват като част от библиотеката, като SumTrees, който обобщава подкрепата за разцепление или подвидове, дадени от задния извадка от филогенетични дървета.
Там се удължава документация и настойнически файлове в пакет за изтегляне на

Какво ново в тази версия:.

• New инфраструктура за метаданни анотации:. AnnotationSet и Анотация
• Пълна поддръжка на NeXML 0.9 метаданни разбор и писане.
• get_from_url () и read_from_url () методи сега дават възможност за четене на филогенетични данни от URL в.
• Добавено GBIF модул оперативна съвместимост (& quot; & quot dendropy.interop.gbif;)
.

Какво ново във версия 3.12.2:

• New инфраструктура за метаданни анотации: AnnotationSet и Анотация.
• Пълна поддръжка на NeXML 0.9 метаданни разбор и писане.
• get_from_url () и read_from_url () методи сега дават възможност за четене на филогенетични данни от URL в.
• Добавено GBIF модул оперативна съвместимост (& quot; & quot dendropy.interop.gbif;)
.

Какво ново във версия 3.11.0:

• Ново приложение скрипт за конкатенация на браншовите етикети от всички краища многократни входни дървета:. sumlabels.py
• New клас оперативна съвместимост dendropy.interop.seqgen.SeqGen:. обвивка за Послед-Gen интегрирани в библиотеката
• New функция оперативна съвместимост dendropy.interop.muscle.muscle_align ():. обвивка за MUSCLE подравняване
• New клас оперативна съвместимост dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner:. обвивка за RAxML
• prune_taxa () метод добавя към CharacterMatrix.
• Математически модули преместени в тяхната собствена-пакет:. dendropy.mathlib
• New модул за матрични и векторни изчисления:. dendropy.mathlib.linearalg
• New модул за изчисляване на статистическа разстояние:. dendropy.mathlib.distance
• Частен на Махаланобисовото изчисление разстояние функции в dendropy.mathlib.distance:. squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, Малаханобисовото, mahalanobis_1d

Какво ново във версия 3.9.0:

• Нови функции:

<> Li филогенният независими контрасти (PIC) анализ вече могат да се извършват с помощта на класа на dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
• Опростена съдържаше коалисцентно (ген дърво в видове дърво) симулация.

<> Li Changes:
• дума аргументи за as_string (), write_to_path (), write_to_file и др методи са били променени, за да станете по-последователно за NEXUS и Newick формати. Предишни ключови думи все още са поддържани, но ще бъдат отхвърлени. Новият набор от ключови думи, подкрепени аргументи може да се види в: REF: NEXUS и Newick написването персонализиране & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e; раздел.
• NEXUS и Newick формати сега подразбиране нечувствително етикети таксон; зададени case_insensitive_taxon_labels = Фалшиви за съдебната чувствителност.
• Корекции на грешки:
• Четене на парчета характер матрици вече не води до следния блок е прескочен (NEXUS).
• Хванати OverflowError при изчисляване на обобщени статистически данни.

Какво ново във версия 3.8.0:

• Tree обекти вече могат да бъдат rerooted на половината време (виж Tree.reroot_at_midpoint ()).
• анотации (т.е., атрибути на дърво, възел или Edge обекти, които са имали & quot; поясняват () & quot; ги призова) вече може да бъде написано като метаданни коментари (& quot; [& поле = стойност] & quot;), когато пишете NEXUS / формат NEWICK ако се използват аргумента, annotations_as_comments ключови думи.
• Когато четете в NEXUS / NEWICK формат дървета, уточнява extract_comment_metadata = True ще доведе до метаданни коментари се извади в речника, с ключове са fieldnames и ценности са стойностите на полетата.
• При четене на данни НЕКСУС формат, КОМПЛЕКТ блокове ще бъдат обработени и анализирани набори от символи в съответния CharacterDataMatrix.
• Набори от символи (като, например, прави разбор от NEXUS КОМПЛЕКТИ блокове: виж по-горе) може да се изнася като нови CharacterDataMatrix обекти, както и да бъде спасен / манипулирани / и др. independentally.
• Когато пишете в НЕКСУС или NEWICK формати, аргументът дума write_item_comments (Вярно или невярно) може да контролира дали разширени коментари, свързани с възли по дърветата ще бъдат записани или не.
• TopologyCounter клас добавен в dendropy.treesum:. дава възможност за проследяване на топология честоти

<> Li treesplits.tree_from_splits () позволява конструиране на (топологията само) дървета от набор от разцепление.
• Най-функционалност, която използва, за да бъде "dendropy.treemanip" Сега е мигрирал като алтернативни методи на класа на dendropy.Tree. "Dendropy.treemanip" ще бъде отхвърлена.
• Дървета вече могат да се подрязват въз основа на списък на таксона етикети да се премахне или да съхраните (по-рано, на методите, ще приемат само списъци на таксона обекти).

Какво ново във версия 3.7.1:

• Нови функции:
• Изпълнение на "подход за вземане на проби General" (Хартман и др 2010:... извадка Дървета от Еволюционните Models; Syst Biol 49, 465-476). Метод за симулиране на дървета от модела на раждане-смърт

<> Li Changes:
• Коректни / последователни имена за някои вероятностни функции.
• Корекции на грешки:
• Bug при потвърждаване презаписване на изходния файл при използване на SumTrees "-e" / "- сплит ръбове. опция
• Ancient и прошарена коса, полу-вкаменена позоваване на "taxa_block" коригира, за да "taxon_set".

Какво ново във версия 3.7.0:

• мигрирали към лиценз BSD-стил. >

Какво ново във версия 3.6.1:

• SumTrees сега работи (в сериен режим) по-стара Python версии (т.е. & # x3c; 2.6).
• поправки за съвместимост с Python 2.4.x.

Какво ново във версия 3.5.0:

• Добавена ladderize () метод, за да поръчате възли в възходящ (по подразбиране) или низходящ (ladderize (вдясно = True)) ред.
• Добавено & quot; звяр-обобщение дърво & quot; спецификация на схема за обработка BEAST анотирани консенсусни дървета.
• Добавен нов модул за взаимодействие с NCBI бази данни:. dendropy.interop.ncbi

Какво ново във версия 3.4:..

• Приложен ez_setup.py актуализиран, за да най-новата версия

<> силни Изисквания

• Python 2.4 до 3.0