mpiBLAST е MPI основава паралелно изпълнение на NCBI BLAST. Проектът се състои от чифт програми, които заместват formatdb и blastall с версии, които изпълняват BLAST работни места и успоредно на клъстер от компютри с MPI инсталирани. Има два основни предимства за използване mpiBLAST спрямо традиционната взрива.
Първо, mpiBLAST разделя на база данни върху всеки възел в клъстера. Тъй като сегмент на базата данни всеки възел е по-малка тя обикновено могат да пребивават в буферната-кеша, при което се получават значително подобрение на скоростта, поради премахването на диск I / O. Второ, тя позволява на потребителите яко да се възползват от ефикасни, евтини Беулф клъстери, защото исканията interprocessor комуникационни са ниски.
mpiBLAST постига супер-линейна ускорим в ситуации, когато базата данни е твърде голям, за да се поберат в RAM, и в близост до линейна ускорим в други ситуации. То не изисква специален клъстер.
Изисквания:
Коментари не е намерена