Biopython

Разработено международен екип от разработчици е разпределена съвместни усилия за разработване на Python библиотеки и приложения, които отговарят на нуждите на настоящите и бъдещите творби в биоинформатиката.

Какво ново в тази версия:.

• Bio.Phylo сега има дърво строителни и консенсусни модули, от по работата GSoC от Yanbo Ye
• Bio.Entrez автоматично ще изтеглите и да кешира нови NCBI DTD файлове за XML разбор в собствената директория на потребителя (като се използва ~ / .biopython на Unix като системи, и $ AppData / biopython на Windows).
• Bio.Sequencing.Applications сега включва обвивка за инструмента за samtools команден ред.
• Bio.PopGen.SimCoal вече поддържа fastsimcoal.
• SearchIO hmmer3-текст, hmmer3-раздела, а hmmer3-domtab сега подкрепят изход от hmmer3.1b1.
• BioSQL вече могат да използват пакета за MySQL-съединител (на разположение за Python 2, 3 и PyPy) като алтернатива на MySQLdb (Python 2 само) за свързване към база данни MySQL.

Какво ново във версия 1.63:

• Сега използва стила Python 3 вградени следващата функция в място на .next Python 2 стил итератори "на (метод).
• Текущата версия премахна изискването на 2to3 библиотеката.

Какво ново във версия 1.62:.

• Първа версия на Biopython която официално подкрепя Python 3

<силни> Какво ново във версия 1.60:

• New модул Bio.bgzf поддържа четене и писане BGZF файлове ( Блокирани GNU Zip Format), вариант на GZIP с ефективен произволен достъп, най-често се използва като част от формата на BAM файл и в tabix.
• Анализаторът GenBank / EMBL сега ще даде предупреждение за непризнати места игрални и продължи разбор (оставяйки местоположение функцията като None).
• The Bio.PDB.MMCIFParser сега изработвана по подразбиране (но все още не е достъпен при Jython, PyPy или Python 3).

Какво ново във версия 1.59:

• нов модул Bio.TogoWS предлага обвивка за TogoWS ПОЧИВКА API.
• The NCBI Entrez Изважда функция Bio.Entrez.efetch е актуализиран, за да се справят с NCBI на по-строги поддръжка на множество аргументи за самоличност в EFetch 2.0.

Какво ново във версия 1.58:

• Нов интерфейс и парсери за PAML (филогенетичен анализ, чрез Максимална Вероятност) пакет от програми, подкрепящи codeml, baseml и yn00 както и Python повторното изпълнение на chi2 е добавен като модула Bio.Phylo.PAML.
• Bio.SeqIO сега включва прочетете подкрепа за ABI файлове (& quot; Сангър & quot; капилярни секвениране следи файлове, съдържащи нарича последователност с Phred качества)
.
• The Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; анализатор се актуализира, за да се справят с маркиращи линии, както се използва в FASTA версия Bill Пиърсън 3.36.

Какво ново във версия 1.57:.

• Biopython сега може да се инсталира с Пип

Какво е новото във версия 1.56:

• Модулът Bio.SeqIO е актуализиран, за да подкрепи протеин EMBL файлове (използвани за база данни на патенти), IMGT файлове (вариант на формата на EMBL файл, с помощ от Ури Laserson) и UniProt XML файлове.

Какво ново във версия 1.55:

• Много работа е към Python 3 (по е на 2to3 скрипт), но ако не се счупи нещо, което трябва да не забележите някакви промени.
• По отношение на новите възможности, най-забележимо гвоздеят е, че класовете на обвивки за кандидатстване команда от инструмента линия сега са изпълними, които трябва да направи много по-лесно да се обадите на външни инструменти.

<силни> Изисквания :

• Python 2.6 или по-висока