BioJava

Тя осигурява аналитични и статистически съчетания, парсери за обща файлови формати и позволява манипулирането на последователности и 3D структури.

BioJava е инструмент за проучване на възможностите на Java в света на биоинформатиката

Какво ново в тази версия:.

<ул >

Какво ново във версия 4.0.0:

• Последователно сеч грешка. SLF4J се използва за сеч и осигурява адаптери за всички основни сеч реализации.
• Подобрена обработка на изключения.
• Премахнати отхвърлени методи.
• Разширява BioJava начинаещи.
• Актуализирани зависимости, където е приложимо.
• Наличен Maven Central.

Какво ново във версия 3.1.0:

• Нови функции:
• CE-CP версия 1.4, с допълнителни параметри
• Актуализация на обхвата 2,04
• Подобрения в FASTQ разбор
• Fix грешки в PDB разбор
• Незначителни поправки в структурата изравнявания

Какво ново във версия 3.0.8:

• New:
• Genbank писател
• Parser за Кариотип файл от UCSC
• Parser за местоположения ген от UCSC
• Parser за имена Джийн подаде от genenames.org
• Модул за Cox регресионен анализ код за оцеляване
• Изчисляване на достъпна повърхност (ASA)
• Модул за разбор .OBO файлове (онтологии)
• Подобрено:
• Представителство на SCOP и Berkeley-SCOP класификации

Какво ново във версия 3.0.7:

• Добавена основен GenBank анализатор
.
• Фиксирана проблем при превода на кодони с N.
• Сега може да се направи извод, облигации в белтъчни структури.
• Добавена е поддръжка за да направи разбор mmcif записи за организма и изразяване на системата.

<> Ли Много малки корекции на грешки и подобрения.

Какво ново във версия 3.0.6:

• Развитие премества в GitHub на адрес: HTTPS: // github.com/biojava/biojava

Какво ново във версия 3.0.5:.

• New анализатор за класифициране САТН
• New анализатор за файлов формат Стокхолм.
• Значително подобряване на представителството на биологичните системи от протеинови структури. Сега може да пресъздадете биологична сглобяване от асиметрична единица.
• Няколко корекции на грешки.

Какво ново във версия 3.0.4:

• Това е главно бъг освобождаване корекция решаване на въпроси, структура и разстройство модули протеин.
• Една нова функция:. SCOP данни вече могат да бъдат или достъпни от оригиналния сайт SCOP в Обединеното кралство или на Berkeley версия

Какво ново във версия 3.0.3:

• Значителни подобрения в модула за уеб услуга (NCBI взрив и hmmer уеб услуги).
• & quot; New & quot; fastq анализатор (пренесен от серията biojava 1 до версия 3).
• Подкрепа за пресява-PDB да UniProt картографиране.
• Protmod модул преименуван на modfinder.

Какво ново във версия 3.0.2:

• протеин-структура: Подобрена обработка на протеинови домейни: Сега подкрепя SCOP. Нова функционалност за автоматизирано предвиждане на протеинови домени, на базата на протеин домейн Parser.
• дребни подобрения и корекции на грешки в няколко други модули.
• biojava3-аа-проп: Този нов модул позволява изчисляването на физико химични и други свойства на протеинови последователности
.
• biojava3-протеин-разстройство: Нов модул за предвиждане на неподредени региони в протеини. Тя се основава на изпълнението Java на предиктор Рон.

Какво ново във версия 3.0.1:

• The 3.0.1 версия е основно бъг освободи за скорошно 3.0 освободен който предвижда основен пренаписване на biojava база код.

<> силни Изисквания

• Java 1.6 или по-висока