Проектът Marvin предлага колекция от инструменти Java за изготвяне, представяне и характеризиране на химическите структури, скелети и реакции.
Marvin може лесно да бъде инсталиран на вашия десктоп и безпроблемно интегрирани в уеб страници и приложения на трети лица чрез своя Application Programming Interface (API).
Семейството Marvin се състои от следните инструменти:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
<Силен>
Аплети или боб?
Марвин се предлага в два пакета в зависимост от начина на използването:
* Марвин аплети за уеб разработчици
* Марвин Beans за десктоп аптеките и за разработчик на софтуер.
Marvin аплети са инструменти за строителна химия уеб страници, които са съвместими с повечето браузъри (Internet Explorer, Firefox, Safari, Opera и т.н.) Те предлагат достъп от / до JavaScript и могат да се персонализират с аплети параметри.
Марвин Фасулът е лесно да се инсталират приложения за настолни и инструменти за интегриране на Марвин способности в произволно приложение Java
Какво ново в тази версия:.
<ул >
MarvinSketch: търсене публична база данни в chemicalize.org. Възможност за смяна лиганд цел в MarvinSketch. Fog-ефект може да се контролира по различни начини: Има плъзгач в раздела Display на диалога Preferences в Sketch / View GUI, за да настроите силата на мъгла ефект и поле за отметка, за да изключите автоматичното мъгла ефект. Въвеждат
аплетите и боб параметри: fogFactor, automaticFogEnabled. (Тема от форума). Поставяне на точка група привързаност не разгрупирате автоматично на Sgroup повече. Определяне на съдържанието на S-група:. Многократни и генерични S-групи трябва да съдържа цялата подграф между облигациите, пресичащи скобите Актуализация на съдържанието S-група, ако скобите позиции се променят: или скоби или структурата се преместили .
S-група вграждането и припокриване се проверяват в молекулни проверки за съответствие. Smarts внос подкрепя алифатни въглеродни атоми с двойна връзка (тема от форума). SMILES внос / износ подкрепя Allenes. Генериране на традиционното име за фрагменти вътре по-голям съединение (напр & quot; декстрометорфан хидробромид & quot;). Подкрепа за CAS преобразуване номер. Подобрена OCR за коригиране на грешки в DocumentExtractor (липсващи запетаи, misrecognized тип скоба, излишни интервали, ...). Document Extractor на PDF документи сега дава номера на страницата на попадения. подобрена поддръжка за общи имена в структурата-да-име и име-на-структура. Основната помощ за име внос се увеличава с около 5% за обща и 10% за системни имена. Преобразуване на скоростта се увеличава с около 20%. JChem и Марвин Фасул инсталатори за Windows добиват също скрипт за Cygwin. Съхрани exocycyclic групи в Bemis-Murcko рамки. Халогенни може да има повече от една връзка по време на преброяването. Ароматни облигации се има предвид при изчисляване на броя на двойните връзки за проверка хомология имот. Lasso режим на избор може да бъде настроен да бъде по подразбиране в MSketchPane (тема от форума). Нова функция, isChiral е добавен към TopologyAnalyzer. New Chmical Условия функции: isQuery (), fieldAsString () .
Фиксирани бъгове: Name кутия не е актуализиран след създаването група, защото създаването на група не се е увеличил графика инвариант брой на климата (тема от форума). заявление MarvinSketch не разбираше & quot; - {име} & quot; параметър на командния ред. Когато устройството & GT; Намери структурира онлайн меню е извикана по Linux, браузърът по подразбиране не може да бъде открит, за да се покаже резултат (тема от форума). Натоварването на isotopes.data файл от Java кеша провали, ако неговата некомпресиран версия се запаметяват в кеш паметта (т.е. ако Декомпресирането се извършва автоматично от уеб сървъра, а не от Marvin). Форум на тема, документация. графични обекти не са показани в прозореца резултат Геометрия Plugin. На стрелката на електрон-поток, синята кутия за подчертаване е пропуснал (тема от форума). лиганда, за да не се показва на ешафода, ако бяха изтрити определенията, дори ако & quot; Винаги & quot; опция дисплей беше определен за & quot; лиганди Поръчки & quot; в диалоговия прозорец предпочитания. Индекс на мултицентрово атом става корумпиран след износител в MDL Mol формат, ако тя е свързана с R-група. Arrow остана на правоъгълници е била повредена по време MRV внос / износ (тема от форума). Внос на 1-писмо пептид се провали при единична хистидин (тема от форума). Косвените водородни атома са изчезнали, като се внасят от SKC. Null стойността на имота на MolAtom не е бил изнасян / внесени в MRV формат. По вносител някои SMARTS, грешен тип връзка се определя вместо единична или ароматна връзка. Някои скоби, внесени от CDX папки, съставени в ChemDraw бяха показани в грешната посока. Smarts износ:. 1-атом единична връзка съсед на ароматния пръстен е бил изнесен като единична връзка, вместо единична / ароматен Експорт заявки с линк възел и R-групи в SMARTS формат са неверни. Работа с H атом е двусмислен в Smarts изрази. Mol файл коментар поле внос не успя. вноса на някои SMILES е наред (тема от форума). Ако шаблонът съдържа верига част, която може да се намира в целта, като част от пръстен (или пръстен система) трябва да пренебрегнем факта, че част от шаблона. The Fine с Hydrogenize вариант на Clean3D не разгрупирате S-групи автоматично (тема от форума).
Molecule.contractSgroups () побъркани координатите молекула (тема от форума). Явните водорода не са били взети предвид в цис / транс изчисление стереохимия. Тавтомер генератор хвърли ArrayIndexOutOfBoundsException в някои случаи. Homology изброяване произведени непоследователни молекули за някои VMN вход. Неправилно такса брои след прилагане CovalentCounterion фиксаж. изходния формат на запис на StructureChecker командния ред се различава от изходния формат на инструкциите. ChiralFlagErrorChecker не се справят хиралност правилно. Вместо изчисляване хиралност от данни за четност, тя се използва за изпълнение на базата на метода isChiral на TopologyAnalyser. Какво ново във версия 5.4.0.1:
- Highlighting на стрели електрони поток е наред, когато основата или крайна точка е била една облигация (тема от форума).
- конфигурация сериализирани меню не работи.
- Индексът на мултицентрово атом е неправилно създадена през MDL MOLFile износ в случай на структури, където R-групата е свързана към мултицентрово атом (вариация позиция облигации).
- Косвените водородни атома са изчезнали от атомите след вноса или паста на структури в ISIS / Symyx Sketch файлов формат (файлов формат SKC).
- CDX файлове включително завъртените графични обекти, изнесени от старите версии на ChemDraw може да не бъдат внесени.
- Изчисляване Тавтомер
- Общи тавтомер не е достатъчно уникален в някои случаи. Благодарение на поправката, генеричното Тавтомерът е предвидено ароматен форма.
- Canoncical изчисление тавтомер е подобрена благодарение на поправката на dearomatization.
- Определени структури с изрично водородни атома, свързани с клиновидна връзка дадоха изключение по време на родовия тавтомеризация.
- изчисляване Volume липсваше cxcalc.
- Структура Checker хвърли NullPointerException вместо игнориране неправилно конфигурационен файл.
Какво ново във версия 5.1.03.2:
- IUPAC Име внос: превръщане на IUPAC имена на структури.
- OLE 2 подкрепа:. Подобрена поддръжка на поставяне MarvinSketch предмети в MS Office документи
- химически термини:. Достъпни от Marvin в командния ред, API и може да се използва в Java скриптове (в аплети)
- Ускорен инициализация на MarvinSketch и MarvinView при стартиране, както като самостоятелна версия, и както се прилага компонент в други приложения.
<силни> Изисквания :
- Java 2 Standard Edition Runtime Environment
Коментари не е намерена