GAMGI

GAMGI е проект с отворен код и напълно свободен софтуер, проектиран от самото начало, за да бъде използван за създаване и анализ на атомни структури. Той разполага с графичен потребителски интерфейс, който е прост, чист, лесен за използване и мощен.

Приложението поддържа широка гама атомни структури, като кристали, молекули, течности и стъкла. Той също така поддържа 230 кристалографски пространствени групи и може да се използва за изпълнение на 3D Voronoi анализ и точкова симетрия.

GAMGI поддържа много типове обекти, включително текст, орбитална, облигация, Atom, посока, равнина, група, молекула, клъстер, клетка, стрелка, форма, графика, събрание, светлина, слой и прозорец. Освен това програмата предлага максимален контрол върху ниско ниво обекти като атоми.

Сред другите характеристики можем да споменем и способността да изграждаме структури RCP (Random Close Packing), кристали за всяка космическа група на симетрия, както и координация polyhedra и Voronoi за произволни структури. Той може да определи и всяка точка от симетрията.

Предлага се с подробна документация

Друга интересна функция е възможността да се изпълняват действия в списък от обекти или единичен обект, който преди е бил осветен. Той идва с подробна документация и атомни данни, включително изотопни данни и йонен радиус. Освен това, софтуерът може да манипулира огромно количество независими прозорци, светлини, включително места, насочени и позиционни слоеве с различни визуализации, референции, прозорци или проекции, както и 3D текстови шрифтове, които могат да бъдат издълбани или екструдирани. >
Може да се използва в училища и университети

Приложението GAMGI може да се използва и в училищата и университетите за преподаване на атомната структура на материята. Това е перфектният инструмент за учените, които работят в атомистичното моделиране, както и за тези, които се нуждаят от приложение с отворен код, за да изучават атомните структури и да подготвят изображения за своите презентации.

Какво ново в тази версия:

• Актуализирани помощни & gt; конфигурационни файлове за обекти на светлина и Atom.
• Синхронизирани gamgi-g и gamgi-x дървета.
• Актуализирано gamgi_expat_import_object: импортирането на данни за обект от клетки в XML файлове с новите правила за конфигурация трябва да работи добре.
• Актуализирано gamgi_expat_export_object: експортиране на данни за клетъчни обекти в XML файлове с новите правила за конфигурация вече работи добре.
• В елементите Cell-> Create и Cell- & gt; Modify векторите на векторите и осите се актуализират автоматично за опции по подразбиране (конвенционални или примитивни), когато се променят Модел.
• Заменени клетка-> граници = FALSE от клетка-> граници = GAMGI_PHYS_NONE в кода на двигателя, gtk, expat и mesa.
• Актуализирано gamgi_expat_export_config: експортиране на данни за конфигурация на клетки в XML файлове вече работи добре
• Актуализирано gamgi_expat_import_config: импортирането на данни за конфигурация на клетки от XML файлове вече работи добре
• Подобри диалоговия прозорец Cell & gt; Config, за да обработва и стандартните стойности за моделите, границите, лицата и възлите.
• Диалогове за преоформено Object- & Config: Конфигурационните данни вече са разделени в стандартните данни (на страниците със същите имена както в Object-> Create dialogs) и глобалните данни (приложими за всички обекти, нов), в глобалната (последна) страница на преносимия компютър. Диалозите са засегнати: Atom- & gt; Config, Cell-> Config, Light- & Config.
• Внедрен диалогов прозорец Cell-& Config и инфраструктура. Размерът на линиите за клетъчни граници, точки на възли и векторни оси сега може да се зададе глобално за всички клетки в GAMGI, функция, която е крайно необходима. Стойностите по подразбиране за използване на цветовете на клетките и осите също са зададени.
• Отстранен е проблем в gamgi_gtk_bond_create: цветът, зададен в static_init, е пренебрегнал предишните конфигурационни данни.
• Фиксирана е проблем в gamgi_mesa_draw_pick и gamgi_mesa_draw_grab: Ширината на точката на рендиране на клетки е зададена на ширината на линията вместо ширината на точката.

Какво е новото във версията:

• Отстранена грешка, която току-що беше въведена: не можем да отчетем зрението GDK след отстраняването на GL контекста. Просто премахнахте този код. Очевидно GTK прави това, когато приспособлението е унищожено.
• Подобрена gamgi_gtk_area.c, използвана в X версията на GAMGI, която замества библиотеката GTKGLExt с нашия собствен GLX-базиран код. Javier Cabezas пренесъл този код на GTK 3 и работи добре! Обратно пренесените промени, така че разликите между кода за GTK 2 и GTK 3 са абсолютно минимални.
• Не можем да използваме r, g, b цветове, поради осите на клетките a, b, c
• Подобрено оформление на осите в орбитални & gt; Създаване и орбитални & gt; Промяна на диалогови прозорци.
• Промяна на модела на етикета за обхват в Orbital-> Създаване и Orbital- & gt; Промяна и промяна на интерфейса за помощ съответно.
• Проверени са всички страници за документацията на форматите за помощ.
• Актуализирана помощна документация за клъстерни формати.
• клъстерните и матричните матрици вече не завършват с нула.
• Синхронизирани клонове gamgi_exp и
• В XML файловете, в елементите на групата, типа на атрибута се заменя с позоваване.
• Актуализирана помощна документация за формати за равнина и посока.
• Актуализирана помощна документация за групови интерфейси и формати.
• Обнови търговската марка на ЕС GAMGI до 2024 г.
• Актуализира лиценза за изходния код и документацията на GPL v3.
• Започнете с помощта на sha256sum, за да проверите всички файлове за разпространение.
• Обновява регистрацията на домейн gamgi.org до 2020 г.

Какво е новото във версия 0.17:

• Фиксирана грешка на makefile (въведена в gamgi0.15.6) в клон GAMGI, която не изисква библиотеката GtkGlExt: make_rules съдържат gtkglext зависимости, които не трябва да съществуват.
• Самолети, указанията вече могат да бъдат избирани чрез проекционна мрежа: Wulff или Schmidt.
• Синхронизиран код, документация и файлове с данни между дърветата за разпространение gamgi и gamgi_exp.
• Проверени данни / орбитални XML файлове за актуализиране на атрибутите на орбиталните оси.
• Провери всички данни / XML файлове, за да замени типа атрибут по етикет, в атомните елементи.
• Провери всички данни / XML файлове, за да замени типа атрибут по модел, в равнина, посока, клетъчни елементи.
• За да се постигне последователност, глобалното заместване на прожекцията на имената е променено по мрежата в посока и код на равнина и XML елементи.
• За по-голяма съгласуваност, глобалното заменяне на типа име по модел в клетка, равнина, код на посоката и XML елементи.
• Променен етикет Тип на модел в клетка & gt; Създаване и Cell & gt; Промяна.
• Променен етикет Метод за въвеждане на Bond-> Създаване.
• Обновена помощна документация за формати за обекти от типа XML равнина и посока.
• Актуализирана документация за интерфейси за типовете и проекциите в равнината-> Създаване, планиране и промяна на реда, посока- & gt; Създаване, посока и промяна на
• Атомната температура на Debye-Waller сега може да има стойности само между 0.0 (синьо) и 100.0 (червено), както е обичайно при този анализ.
• Актуализирана документация за интерфейси и формати за обект Bond.
• Фиксираната стандартна атомна температура на Debye-Waller: новата стойност е 0.0, съответстваща на атом с добре позната позиция.
• Актуализирана документация за форматиране на Atom и Cell обекти.
• Помощните & gt; текущи и помощни & gt; теми вече могат да четат документацията за Orbital- & gt; Modify.
• Написахте документация за Orbital-> Modify.
• Обновена документация за Orbital-> Създаване.
• Сега орбиталните оси се обработват много по-лесно, в Orbital-> Create, Orbital-> Modify и XML натисни файлове.
• Orbital-> Изборът вече работи добре за всички опции, включително многото свойства, които могат да се използват за избор на орбита.
• Леко опростени функциите gamgi_gtk_select _ * .c.
• Фиксирани са две грешки в кода на H orbitals, въведени в GAMGI 0.16.6: 1) термините rho ** L (от Laguerre polynomials) и 1 / r ** L (от функциите на Legendre) , с изключение на константата, която липсваше. 2) в изчислението по подразбиране на радиуса липсва терминът rho ** L.
• Списъкът на самолетите може да бъде избран по модел: Полигон, Поле, Трейс, Вектор.
• Списъкът с указания вече може да бъде избран по модела: Line, Pole, Trace.

Какво е новото във версия 0.16.8:

• В стереографските проекции леко повдигнахте височината на z в bitmap (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP), така че те винаги се появяват над следи. Това поправя визуален бъг, но също така прави много по-лесно да изберете полюси със следи наоколо, тъй като цветовете вече са ясно разделени.
• Синхронизирани клонове на кодовете за gamgi и gamgi_exp.
• Актуализирано static_press в равнината- & gt; Промяна и Direcyion- & gt; Промяна, така че името на обекта не е презаписано от автоматичното задаване на име.
• Автоматично променяне на името в "Планета" и "Модифициране и насочване" и "Модифициране" вече работи добре, за кристалографските равнини и директории.
• Намиране и премахване на грешка в плоскостта-> Създаване и насочване- & gt; Създаване: в някои случаи името на обекта, посочено от потребителя, е игнорирано.
• Намиране и премахване на сериозна грешка в планетата-> Създаване и насочване- & gt; Създаване: след създаването на самолети / упътвания, използвайки списъци, създадени преди това с диалоговия прозорец Списък на второ ниво, те не бяха правилно нулирани. В някои случаи това може да доведе до срив на GAMGI.
• Намерени и премахнати грешки в плоскостта - & gt; Създаване и насочване- & gt; Създаване: Поле и Трейс не са създадени едновременно, когато е необходимо, само един път всеки път.
• Обикновено-> Изборът вече работи. Списъците на орбитите могат да бъдат копирани, свързани, избрани, модифицирани, премахнати, както и при други обекти.
• Синхронизирани клонове на кодовете за gamgi и gamgi_exp.
• Фиксирана клетка & gt; Връзка: тя работи (отново) добре за списъци с клетки, в обекта (над и под), кристално и произволно.
• Намерено и премахнато проста, но сериозна грешка: когато бяха отворени няколко прозореца и списъкът с обекти беше активен и избран като текущ обект, Reset (но не и Exit) щеше да срине Gamgi.
• Cell-> Link Random (RCP) не работи: заменен от по-стар код. Cell & Link изисква повече работа.
• Съставяне отново с флаг -03.
• Фиксирана е сериозна грешка във всички Object- & gt; Избор на диалогови прозорци в метода Region: когато правоъгълникът за вземане на проби не е изцяло в графичната област, някои от избраните цветове няма да бъдат дефинирани, а GAMGI ще се срине при натискане на Ok. Катастрофите бяха открити отдавна, но причината досега беше неясна.

Какво е новото във версия 0.16.7:

• Синхронизирани графики за gamgi / dat и gamgi_exp / dat.
• Синхронизирани графики за документация на домейни и документация на gamgi / doc и gamgi_exp / doc.
• Синхронизирани кодови дървета на gamgi / src и gamgi_exp / src.
• Фиксирани повече GUI проблеми в Orbital- & gt; Промяна.
• Фиксирани орбитални & gt; Модифициране на сривове: орбиталните & точки трябва да бъдат нулирани на 0.
• www.gamgi.org и ftp.gamgi.org сега се обслужват от ВМ, хостван в ИТ центъра в Лисабонския университет. Надяваме се, че това означава по-надеждни връзки и по-малко време.
• Автоматичното променяне на името в Orbital- & gt; Модификацията работи добре сега.
• Автоматичното променяне на името в Atom-> Modify работи добре сега.
• Извършена автоматична промяна на името в Atom-> Modify.
• Извършено автоматично променяне на името в Orbital-> Коригиране.
• Orbital- & gt; Modify вече работи за единични орбитали. Списъкът на орбитите трябва да работи в следващото издание.
• Преводът, въртенето, сега работят добре за Orbital-> Модифициране.
• static_apply за Orbital- & gt; Промяната се извършва предимно.
• Завършен static_grab за Orbital- & gt; Промяна.
• Добавени са static_ok_global и static_ok_local за Orbital-> Modify.
• Завършен static_press за Orbital- & gt; Промяна.
• Поведението на GUI за Orbital- & gt; Modify е почти завършено.
• Започнахте да работите с Orbital-> "Модифициране и орбитално"> Изберете.
• Обновени gamgi_mesa_pick.c и gamgi_mesa_grab.c, за да се вземат под внимание твърдите представяния на орбиталите.
• Коригира малка грешка в кода на орбиталната ос.
• Полиномите Laguerre имат коефициент r ** L (L = ъглово квантово число), който се отменя точно с коефициента 1 / r ** L на функциите на Legendre, така че математическите описания на H-орбитата стават много по-прости! Благодарение на Хосе Луис Мартинс, че ме насочихте към това! За такива ниски плътности на вероятностите (1Е-6) цифровите въпроси са толкова чувствителни, че орбиталните визуални представяния се различават малко, дори и за L = 1, след това опростяване.

Какво е новото във версия 0.16.6:

• Синхронизирани дървета на изходния код за гами / данни и gamgi_exp / dat.
• Синхронизирани дървета на изходния код gamgi / src и gamgi_exp / src.
• Добавени са скрийншоти, показващи новите изображения за орбита.
• Леко увеличена тотална точност при определяне на радиуса на пробовземане по подразбиране на орбита: тестван срещу (6,5, -5) орбитален (6hy5).
• Отстранен код, за да се извърши интерполация на сигнала в твърди орбитали. Работи добре сега! Това наистина беше последното препятствие за представянето на орбитално представяне от световна класа в GAMGI! Време за скрийншота! В бъдеще ще се опитаме да намалим броя на върховете, нормалите и триъгълниците и можем да приложим засенчване на Gorauld, но никой от тях няма да промени научните и визуалните възможности на настоящия ни модел. Чаша Порт за празнуване!
• Извършва метод за извършване на интерполация на сигнали в твърди орбитали, за да реши проблема с некачествената промяна на сигнала, открит по-рано.
• Изчистеният код в gamgi_chem_orbital.c и gamgi_chem_orbital.h.
• Отстранена е грешка: плътността на вероятността за орбита не е била правилно експортирана в XML файлове.
• Обикновените оси вече са по-лесни за използване и имат повече опции.
• Кодът на сигнала работи сега: 3D орбиталите изглеждат наистина фантастични, но сигналният код трябва да се прецизира, тъй като липсата на интерполация води до прекалено визуален шум, когато сигналът се промени.
• Фиксира кода за размяна на позитивни и негативни триъгълници.
• Коригира кода на интерполацията на сигнала в static_edge.
• Реши интерполационен проблем, свързан с ефекта на орбиталния isosurface лук: фракция на силата в диапазона [0,1].
• Фиксирана ориентация на орбиталния твърд код: това е необходимо за точна интерполация.
• Фиксирани цифрови неточности: просто бъг, разделящ кубовете (както в 3D шахматна дъска). Сега изглежда страхотно!
• Debugged твърдият орбитален 3D код, очевидно работи добре, все още с някои числени неточности в повърхността.

Какво е новото във версия 0.16.5:

• Орбиталните обекти вече могат да бъдат експортирани и импортирани в GAMGI натисни XML файлове. Замести рекурсивното статично_изходящо рутинно изпълнение с вертикална линия и стека, като по този начин премахне критичната тежест в твърдия орбитален код. Фиксирани изтичания на mem в GTK кода, синтактични грешки при избор на обект по цвят, предупреждения поради ненужни променливи и т.н.

Какво е новото във версия 0.16.4:

• Синхронизирани клонове на източници за gamgi и gamgi_exp.
• Актуализирано make_local, за да включим пътеките: -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / от Ubuntu.
• Коригира грешка в новия солиден орбитален код: тестът за дължина r има смисъл в кабелното представяне, но не и в солидния!
• Новият рекурсивен код работи в бита масиви по-големи от 160x160x160, в най-лошия случай.
• Рекурсивният код за намиране на външни повърхности се срива за бита масиви по-големи от 50x50x50. Търсите алтернатива на линия.
• Орбитален код: интерполация на вълновата функция за създаване на триъгълно представяне работи много добре.
• Триизмерното 2D масивно представяне на равнинни повърхности в H-базирани орбитали вече е добре изпитано и работи добре! Това е от решаващо значение за изграждането на базирано на октант представяне на тези орбитали, където потребителите могат да избират кои октани да показват.
• Добавени са нови огледала, http://atom.ist.utl.pt и ftp://atom.ist.utl.pt, които в бъдеще ще хостват на gamgi.org.
• Добавена е хубава структура и информационни файлове за високотемпературен бета-кварц, бета-кристобалит и бета-триддимит.
• Въведете ново огледало: http://gamgi.ist.utl.pt/ или http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
• Опростена е начина, по който H-Orbital oticants се избират в режим Wired.
• За всеки H орбитален октант е написал топологичния код, за да се изградят всички триъгълници, необходими за описване на външния 3D isosurface (алгоритъм с тетракуби) плюс вътрешните 2D октанови граници.
• За всеки H орбитален октант е написал и тествал кода на бит масив, необходим за елиминиране на вътрешните повърхности и показва само външния.
• Опростен октанен двоичен код в gamgi_chem_orbital.c.

Какво е новото във версия 0.16.3:

• Подобрена четливост във всички диалози Object-> Copy.
• Добавена документация за Orbital-> Създаване, Orbital- & Копиране, Orbital- & Link & Orbital- & Remove>
• Надстроени помощни програми & gt; текущи и помощни & gt; теми за разпределяне на орбитална & gt; създаване, орбитална & gt; копиране, орбитална & gt; връзка, орбитална &
• Синхронизирани дървета на gamgi и gamgi_exp.
• Orbital- & gt; Връзката вече работи добре (списъци с орбитали, които все още не са приложени).
• Отстранява се грешка във всички link_object.html файлове, което води до съобщение за грешка в GAMGI, когато помощната подсистема се опита да отвори един от тези файлове.
• Orbital- & gt; Копирането вече работи добре (списъци с орбитати, които все още не са приложени).
• Orbital- & gt; Отстраняването вече работи добре (списъци с орбитали все още не са внедрени).
• Започна изграждането на диалогови прозорци Orbital-> Копиране, Orbital- & gt; Link и Orbital- & gt; Премахване.
• Разположението на октаните в диалоговия прозорец Orbital-> Create е много по-интуитивен.

Какво е новото във версия 0.16.2:

• Синхронизирани gamgi / (с GtkGLExt) и gamgi_exp / (с GLX) версии.
• Филтриращите октанти за обем сега работят добре за орбиталните кадри.
• Завършено търсене на най-добрите стойности по подразбиране за H-орбитите. Плътността по подразбиране е 1Е-6, която е необходима, за да се покажат всички региони в 6-те орбита. Точките са 50000 х n, което е разумен компромис. Радиусът по подразбиране се изчислява от последния максимум в радиалната плътност f2r2 плюс минималната дължина 2.0, докато максималната плътност (търсенето на theta, phi) стане по-ниска от стандартната плътност.
• Усъвършенстван, преработен е диалоговият прозорец Orbital-> Create.
• Орбитите вече работят добре в Gamgi. Търсите сега най-добрите стойности по подразбиране.
• Добавен е кодексът, необходим за изграждането и изобразяването на H орбиталите.
• Оптимизиран орбитален код за скорост.
• За всички орбитални базирани на водород от n = 1 до 6, изчислете разстоянията за радиална полиномия максимум.
• За всички орбитали, базирани на водород от n = 1 до 6, се изчисляват разстоянията за нули на радиална полиномия.
• Вече могат да бъдат създадени орбитални обекти, мащабирани (около текущия център), преместени, завъртяни, както всеки друг Gamgi обект.
• Завърши диалоговия прозорец Orbital-> Създаване за създаване на орбитали, базирани на водород.
• Напишете графичния код на двигателя, за да направите базирани на водород орбитали в пунктиран режим.
• Добавени са и тествани о, р, d, f, g, h Орбити на база водород за n = 6, в картезиански x, y, z координати.

Изисквания :

• GTK +