STEPS

СТЪПКИ е пакет за точната стохастично симулиране на реакция-дифузия системи в произволно сложни 3D геометрия. Нашата основна симулация алгоритъм е реализация на SSA Гилеспи, разширен, за да се справят с дифузия на молекули над елементите на 3D тетраедърна окото.
Въпреки че е разработен предимно за симулиране на подробни модели на невронни сигнални пътища в дендрити и около синапси, е общ инструмент и може да се използва и за разглеждане на биохимичен път, в който се смята, че пространствени градиенти и морфология да играе роля.
Въведохме СТЪПКИ като набор от Python модули, което означава СТЪПКИ потребителите могат да използват Python скриптове, за да контролира всички аспекти на създаването на модел, генериране на окото, контролиране на симулацията и генериране и анализ на продукцията. Основните изчислителни съчетания са все още изпълнени като C / C ++ разширение модули за максимална скорост на изпълнение.
. СТЪПКИ се разпространява под GPL v3 лиценз

<силни> Изисквания :

• Python