SSuMMo

SSuMMo е библиотека от функции, предназначени около итеративно използване hmmer да зададете последователности на таксони & Nbsp;. Резултатите са силно анотирани дървета, показващи вида / дистрибуция род в рамките на тази общност.
Програми, включени с изходния код включват инструменти за: -
- Изграждане на йерархична база данни на скрити Марков Models - dictify.py;
- Разпределяне на последователности на признати таксономични имена - SSUMMO.py;
- Анализиране на биологичното разнообразие, като се използва Simpson, Шанън и други methods- rankAbundance.py;
- Визуализира резултати като cladograms с ясно изразена възможност за лесно напречно сравнявате масиви от данни - comparative_results.py
- Конвертирате резултати phyloxml формат: dict_to_phyloxml.py;
- Изграждане HTML представителство - dict_to_html.py.
- Криви сюжетни разрежението изчислява съответната индекси на биологичното разнообразие
Тук Python програмния код, за Google Code. В предварително създадени йерархична база данни на HMMs, както и оптимизирана база данни SQL таксономия (използван за извеждане редиците на всеки таксон) може да изтеглите от: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
За инсталиране на информация, моля, обърнете се към Документацията. За информация за употреба, има уики (по-горе), и по-Manual предварителен Потребителят е добавен към SVN багажника

<силни> Изисквания :.

<ул >