MetagenomeDB

Софтуер снимки:
MetagenomeDB
Софтуер детайли:
Версия: 0.2.2
Дата на качване: 12 May 15
Розробник: Aurelien Mazurie
Разрешително: Безплатно
Популярност: 7

Rating: 1.0/5 (Total Votes: 1)

MetagenomeDB е Python библиотека, предназначена да лесно да се съхранява, извличане и поясняват Метагеномно последователности & Nbsp;. MetagenomeDB действат като абстракция слой отгоре на база данни MongoDB. Тя предоставя API да създавате и променяте и да се свържете два типа обекти, а именно последователности и колекции:
& Nbsp; * последователности (Sequence клас) може да бъде гласи, контиги, PCR клонове и т.н.
& Nbsp; * колекции (клас Collection) представлява набор от последователности; например, се чете, като в резултат на определянето на последователността на извадка, контиги сглобени от набор гласи, PCR библиотека
Всеки обект може да бъде отбелязан с помощта на речник-подобен синтаксис:
# Първо, ние внасяме библиотеката
внос MetagenomeDB като MDB
# След това ние създаваме нова Sequence обект с две
# (Задължителни) свойства, "име" и "последователност"
S = mdb.Sequence ({"име": "Моята последователност", "последователност": "ATGC"})
# Обектът вече може да бъде отбелязан
принт S ["дължина"]
S ["тип"] = "четат"
# Веднъж модифициран, обектът трябва да бъде извършено
# До базата данни за измененията да останат
s.commit ()
Обекти от тип последователност или Collection могат да бъдат свързани един с друг, за да представляват различни Метагеномно масиви от данни. Примери включват, но не се ограничават до:
& Nbsp; * колекция от прочита резултат от секвениране Run (връзка между множествената Sequence обекти и една Collection)
& Nbsp; * набор от контиги резултат от сглобяването на набор от прочита (отношение между две Колекция обекти)
& Nbsp; * гласи, че сме част от контиг (връзка между множествената Sequence обекти и една последователност)
& Nbsp; * последователност, която е подобна на друга последователност (връзка между две последователност обекти)
& Nbsp; * колекция, която е част от по-голяма колекция (отношение между две Колекция обекти)
Резултатът е мрежа от последователности и събиране, които могат да бъдат изследвани с помощта на специални методи; IEG, Collection.list_sequences (), Sequence.list_collections (), Sequence.list_related_sequences (). Всеки един от тези методи позволяват сложни филтри, използващи заявки синтаксис MongoDB:
# Списък на всички колекции от тип 'collection_of_reads "
# Последователността "S" принадлежат
колекции = s.list_collections ({"тип": "collection_of_reads"})
# Списък на всички последователности, които също принадлежат към тези колекции
# С дължина най-малко 50 базисни пункта
за гр в колекции:
& Nbsp; печат c.list_sequences ({"дължина": {"$ GT": 50}})
MetagenomeDB също предвижда набор от команден ред за внос на нуклеотидни последователности, протеинови последователности, BLAST и FASTA подравняване алгоритми изход и АСЕ монтажни файлове. . Други инструменти са предвидени да добавите или премахнете множество обекти, или да ги поясняват

<силни> Изисквания

  • Python

Подобен софтуер

Genepidgin
Genepidgin

20 Feb 15

STEPS
STEPS

15 Apr 15

avalanchetoolbox
avalanchetoolbox

14 Apr 15

Коментари към MetagenomeDB

Коментари не е намерена
добавите коментар
Включете на изображения!
Търсене по категория