goby

попчета е Python API за четене на бинарни файлове с данни, създадени с помощта рамка за управление на данните попче следващото поколение.
Обикновено, тази директория идва като част от целия пакет попче, на разположение от:
& Nbsp; HTTP: //goby.campagnelab.org/
Пълният пакет включва изходния код на Java. Ако сте изтеглили този пакет от PyPI или някакъв друг Python-специфичен източник, може да сте получили само на Python част от кода.
<Силен> Развитие Предупреждение
Библиотеките попче Python не са толкова зрели като изпълнението на Java. То може да бъде по-бъгав и не е предназначен да предоставя пълния набор от функции, които се намират в Java версия.
<Силен> Монтаж:
& Nbsp; 1. Уверете се, че имате Python 2.5 или по-нова. Ако имате съмнения, изпълнете:
питон -V
& Nbsp; 2. Изтеглете и инсталирайте пакетите предпоставка питон:
& Nbsp; 1. Protocol Буферите
& Nbsp; Предлага се от http://code.google.com/p/protobuf/ или PyPI
& Nbsp;
2. pyjavaproperties - Python заместител на java.util.Properties
& Nbsp; Предлага се от http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
& Nbsp; 3. Инсталирайте пакета попче:
питон setup.py инсталиране
& Nbsp; Тази стъпка може да изисква суперпотребителски привилегии.
<Силен> Usage:
Примерни скриптове са предвидени да се покаже как да получите достъп до съдържанието на попчета файлове в Python.
& Nbsp; * Ето как да сканирате файл попче подравняване:
& Nbsp; GobyAlignmentStats.py basename
(Basename.entries файловете и basename.header трябва да излезе.)
& Nbsp; * Следващата команда ще отпечата съдържанието на подравняване на файлове като текст:
GobyAlignmentToText.py basename
& Nbsp; * Следващата команда ще конвертирате компактен чете файл да FASTA формат:
GobyCompactToFasta.py file.compact-прочитания
& Nbsp; * Следващата команда ще отпечата статистика за съдържанието на компактен чете файл:
GobyReadsStats.py file.compact-гласи

<силни> Изисквания :

• Python