Burrows-Wheeler Aligner (BWA) е ефективна програма, която е наравно относително къси нуклеотидни последователности срещу дълга референтна последователност като човешкия геном.
Софтуерът изпълнява два алгоритъма, BWA-кратко и BWA-ЮЗ. Бившите работите за въпросните последователности с по-къси от 200 bp и ако то е по-дълги последователности до около 100kbp.
И двата алгоритми правят дар-подравняване. Те обикновено са по-точни и по-бързо на запитванията с ниски нива на грешки са. Моля, вижте страницата от ръководството на BWA за повече информация.
<Силен> ли BWA приведе 454 прочитания?
& Nbsp; да, и не. БУА-SW компонент на BWA работи добре на 454 прочитания около 200 bp или по-дълго. Той постига подобна точност привеждане в SSAHA2 докато много по-бързо. BWA-SW също работи за кратък чете, но чувствителността е по-ниска. В допълнение, BWA-SW не поддържа сдвоен края подравняване.
<Силен> Каква е максималната дължина заявка последователност в синхрон?
& Nbsp; Препоръчително е да използвате БАВ-кратко само чете по-кратък от 200 bp. Въпреки BWA-кратко работи в продължение на няколко заявки кЬр по принцип, работата му е влошено. За дълго гласи, BWA-SW е по-добре.
& Nbsp; Компонентът BWA-SW може да приведе в съответствие с BAC последователност (около 150kbp) срещу човешкия геном. Скоростта по отношение на съответствие от бази за единица време е сравнима със скоростта на 1kbp четене подравняване. По принцип, BWA-SW трябва да бъде в състояние да приведе няколко MBP заявка последователност с аналогична скорост, но не съм пробвал.
<Силен> Какво е допустимото отклонение от грешки секвениране?
& Nbsp; Bwa-кратко е предназначена предимно за секвениране на равнището на грешки под 2%. Въпреки, че потребителите могат да се поръчат да толерира повече грешки от тунинг опции за командния ред, нейното изпълнение е бързо разгражда. Имайте предвид, че за Illumina гласи, БАВ-кратко може по избор да отрежете нискокачествени бази от 3'-края, преди привеждане в съответствие и по този начин е в състояние да постигне по-голяма чете с висок процент на грешки в опашката, която е типична за данни Illumina.
& Nbsp; BWA-SW толерира повече грешки, дадени вече подравняване. Simulation предполага, че BWA-SW може да работи добре дал 2% грешка за 100 bp подравняване, 3% грешка за 200 bp, 5% за 500 bp и 10% за 1000 bp или вече подравняване.
<Силен> ли BWA намерите химерно чете?
& Nbsp; Да, BWA-SW компонент е в състояние да намери химера. BWA обикновено съобщава едно изравняване за всеки чете, но може изход две или повече трасета ако четене / контиг е химера.
<Силен> ли BWA кол SNPs като MAQ?
& Nbsp; Не, BWA само прави изравняване. Въпреки това, той извежда трасета във формата, SAM, който се подкрепя от няколко генерични SNP викащи като samtools и GATK.
<Силен> Виждам едно четене в една двойка има високо качество картографиране, но от друга четене има нула. Това ли е правилната?
& Nbsp; Това е правилно. Качеството Mapping е назначена за индивидуално четене, не за чифт четене. Възможно е една четене може да бъде съпоставена недвусмислено, но половинка попада в tandom повторение и по този начин неговата точна позиция не може да бъде определена.
<Силен> Виждам четене откроява края на хромозомата и е подаден сигнал, че неотбелязан (флаг 0x4). Какво се случва тук?
& Nbsp; Вътрешно BWA конкатенира всички референтни секвенции в една дълга поредица. A прочете, може да бъде съпоставена на кръстовището на две съседни референтни секвенции. В този случай, BWA ще флаг чете като неотбелязан, но ще видите, позиция, ПУРА и всички тагове. По-добро решение би било да се избере алтернативен позиция или отрежете подравняването от края, но това е доста сложно в програмирането и не се изпълнява в момента.
<Силен> ли BWA работа по референтни секвенции дълги от 4GB общо?
& Nbsp; Не, това не е възможно и няма да бъдат подпомагани в близко бъдеще поради техническата сложност.
<Силен> Errata
Интервалът на наставка спектър от празен низ трябва [0, п-1], където п е дължината на низ база данни, не [1, п-1] Както се посочва в Li и Durbin (2009 и 2010). Съответно, ние трябва да определим O (а, -1) = 0 и да преразгледа Псевдокод на фигура 3 от Li и Дърбин (2009 г.). Изпълнение BWA е действително вярно. Грешката се появява само на хартията. Извиняваме се за объркването и благодаря Nils Омир и Abel Antonio Леш Collado за фугиране на тази на
Какво ново в тази версия:.
- Bugfix:. дублирана алтернативни попадения в тага XA
- Bugfix: когато подрязването активиран, BWA-ALN апликации 1BP малко .
- Disabled цветово пространство изравняване. 0.6.x не работи с твърдо чете в момента.
- Bugfix:. Segfault поради прекомерните двусмислени бази
- Bugfix:. Неправилна позиция половинка в режим SE
- Bugfix: редки segfault в режим PE
- Когато макро _NO_SSE2 е в употреба, да падне обратно в стандартното Smith-Waterman
- вместо SSE2-SW.
- Евентуално марка сплит удря с по-ниски резултати подравняване като вторична.
- Bugfix:. Безкраен цикъл, причинени от двусмислени бази
- По избор изход въпросната последователност.
Коментари не е намерена